gmx rotmat¶

概要¶

gmx rotmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
           [-o [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>]
           [-[no]w] [-xvg <enum>] [-ref <enum>] [-skip <int>]
           [-[no]fitxy] [-[no]mw]

説明¶

gmx rotmat は、-s で指定された参照構造に適合させる最小二乗法による構造の回転行列をプロットします。適合の前に、翻訳は削除されます。出力は、参照構造の x、y、z 軸の新しい方向を与える 3 つのベクトルであり、たとえば (zx,zy,zz) は軌跡フレームにおける参照 z 軸の方向を示します。

このツールは、例えば、分子のインターフェースでの向きを特定するために役立ちます。これは、``gmx trjconv -fit rotxy+transxy``を使用して*x-y*平面での回転を除去した軌跡から得られた軌跡に基づいて、分子のインターフェースでの向きを特定するために役立ちます。

オプション -ref は、-s から取得した構造ではなく、適合のための参照構造を指定します。RMSD（相対原子移動距離）の合計が最も小さい構造が使用されます。この手順の計算コストはフレーム数に対して二乗で増加するため、-skip オプションを使用すると便利です。完全な適合、または x-y 軸のみでの適合を実行できます。

オプション -fitxy は、回転行列を決定する前に、x-y 座標平面に適合させます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr): 構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (rotmat.xvg): ファイル名: xvgr/xmgr

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e <時間> (0): 最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w (no): 出力表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-ref <enum> (なし): 最適な参照構造を決定する: なし、xyz、xy
-skip <整数> (1): -ref には、すべての nr 番目のフレームを使用する
-[no]fitxy (無): x/y 軸の回転を決定する前に、回転を適用する
-[no]mw (有効): 質量に基づいた適合を使用する