gmx 誘電¶
概要¶
gmx dielectric [-f [<.xvg>]] [-d [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]]
[-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w]
[-xvg <enum>] [-[no]x1] [-eint <real>] [-bfit <real>]
[-efit <real>] [-tail <real>] [-A <real>] [-tau1 <real>]
[-tau2 <real>] [-eps0 <real>] [-epsRF <real>]
[-fix <int>] [-ffn <enum>] [-nsmooth <int>]
説明¶
gmx dielectric は、シミュレーション内の全二極矩の自己相関関数から、周波数依存の誘電定数を計算します。この自己相関関数は、gmx dipoles を使用して生成できます。利用可能な関数の関数形は以下のとおりです。
1 つのパラメータ: y = exp(-a_1 x)
2つのパラメータ: y = a_2 exp(-a_1 x)
3つのパラメータ: y = a_2 * exp(-a_1 * x) + (1 - a_2) * exp(-a_3 * x).
開始値をフィッティング手順で指定できます。また、パラメータを初期値に固定するには、-fix オプションと、固定したいパラメータの番号を指定します。
3つの出力ファイルが生成されます。最初のファイルには、ACF（周波数応答）、それに1、2、または3パラメータを用いた指数関数的なフィッティング、および組み合わせデータ/フィッティングの数値微分が含まれています。2番目のファイルには、周波数依存の誘電率の実数部と虚数部が含まれており、最後のファイルにはCole-Coleプロットと呼ばれるグラフが含まれており、このグラフでは虚数成分を実数成分としてプロットします。純粋な指数関数的緩和（デバイ緩和）の場合、このグラフは半円である必要があります。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xvg>] (dipcorr.xvg)xvgr/xmgr ファイル
出力ファイルの指定オプション:
-d[<.xvg>] (deriv.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-o[<.xvg>] (epsw.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-c[<.xvg>] (cole.xvg)xvgr/xmgr ファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e<時間> (0)最後に読み込むトレースファイルのタイム (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w(no)-xvg(xmgrace)形式: xmgrace, xmgr, なし
-[no]x1(はい)最初の列を*x*-軸として使用し、最初のデータセットを使用するのではなく。
-eint<実数> (5)データの統合を終了し、フィットを開始するのにかかる時間
-bfit<実数> (5)Begin time of fit
-efit<実数> (500)適合の終了時間
-tail<real> (500)フィットでデータとテールを含む関数の長さ
-A<実数> (0.5)適合パラメータAの初期値
-tau1<実数> (10)開始値（フィッティングパラメータ tau1 用）
-tau2<実数> (1)開始値（フィッティングパラメータ tau2 用）
-eps0<実数> (80)あなたの液体のε₀
-epsRF<実数> (78.5)シミュレーションで使用する反応場のエピタロン値。0の値は無限大を意味します。
-fix<int> (0)パラメータを初期値（A (2)、tau1 (1)、または tau2 (4)）に設定します。
-ffn(なし)関数: なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9
-nsmooth<整数> (3)平滑化に使用する点の数