GROMACS 2018.3 リリースノート¶
このバージョンは2018年8月23日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|のバージョン2018.2以降の変更点、および既知の問題を修正した内容を dokumentiert. また、2016.5およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
マルチドメインのGPU実行では、ペア間の相互作用を欠かせなくなることはありません。¶
単位格子内に空隙があるシステムの場合、GPUを用いたドメイン分割による計算では、ある時点でドメイン間の相互作用がない場合に、ドメイン間のLJおよびクーロン相互作用を計算しません。
このバグは、ドメイン分割を使用し、空の領域を含むGPU上で実行されているシミュレーションにのみ影響します。これらの空の領域は、ドメインが空になる原因となる可能性があります。
このバグの発生として考えられるのは、シミュレーションをチェックポイントファイルから再開した場合に、計算結果がランダムに失敗する現象であり、これはシミュレーションの初期段階で相互作用が存在する場合に、ドメインが適切に再構築されるためである可能性があります。
このバグは、非常に短いシミュレーションではほとんど影響がない可能性がありますが、欠落した相互作用はシミュレーションの不安定化やクラッシュを引き起こす可能性が高いです。
もし、このバグによってクラッシュしたシミュレーションを再起動すると、クラッシュが発生する直前の、わずかな領域に物理的に不自然な挙動が含まれる可能性があります。
これは重要な修正であり、GPUで動作する2018.xシリーズのユーザーは、このリリース版にアップデートする必要があります。
修正：最小化の終了時にコンジュゲート勾配の検証エラーが発生¶
最終ステップが座標出力ステップと一致した場合、共役勾配最小化は、`confout.gro`を書き出す代わりに、アサーションエラーで終了します。
マルチドメインの共役勾配最小化が、クラッシュしなくなりました。¶
Brownian Dynamics を使用してペアリストバッファを修正¶
Brownian Dynamicsとbd-fric > 0の場合、制約された原子と仮想サイトに対して不適切な質量でVerletペアリストバッファが決定されます。これにより、通常のアトミスティックシステム（制約あり）では、バッファが小さくなりすぎる可能性があります。
「アトムが移動先が遠い」エラーを回避する¶
デュアルペアリストの導入により、nstlistの値が大きくなり、ドメイン分割ステップ間で原子の移動量が増加しました。これにより、安定した系において、「原子がドメイン分割ステップ間で過度に移動した」および「PMEランクMに通信される粒子数が、ドメイン分割セルから2/3以上を占める」というエラーがより頻繁に発生するようになりました。現在、最小セルのサイズを決定する際に、原子の移動量が正しく考慮されるため、これらのエラーは不安定な系でのみ発生するはずです。
gromppは、プルグループがボックスサイズの半分に近接していないかを確認するようになりました。¶
周期境界処理に使用される参照アトームを使用するグループは、その参照アトームのボックスサイズの半分以下の範囲内に、すべての原子を含んでいる必要があります。そうでない場合、gromppは警告を発します。
修正: QM/MM ONIOM スキームを使用した場合の mdrun で発生するセグメンテーション違反¶
GPU での PME のサポートは、ダイナミックな積分器でのみ有効であることを正しく指定¶
以前、PME（物理モデル最適化）のGPUサポートは、エネルギー最小化と通常のモード解析の実行（ただし、失敗する可能性あり）が可能でした。
gmx ツールに関する修正¶
make_gromos_rtp.py の構文エラーを修正¶
gmx solvate のトポロジー更新を修正¶
ハードコーディングされた溶媒名の削除により、溶媒分子の情報に基づいてトポロジーを更新できるようになりました。また、複数の溶媒タイプで更新することも可能です。
修正：`issue:`2511`の修正により発生するbfactor出力エラーを修正¶
PQRファイルの出力修正により、他のツールのbfactorsの出力が中断されました。
gmx rms が値をスキップできるようにしました¶
「値をスキップするように求められた場合でも、gmx rms はオプションに関係なく、すべての値を引き続き出力します。現在は、処理するように指定された値のみを出力します。」
修正：構造ファイルが提供されていない場合にtrjconvの動作を修正¶
trjconv は、構造ファイルが提供されていない状態で実行した場合、トポロジーデータ構造の不完全な初期化により、セグメンテーション違反を引き起こしていました。この修正により、必要なチェックが追加され、エラーが防止されます。
強制回転エネルギー出力の修正¶
移植性を向上させるための修正¶
nvcc ホストコンパイラチェックがトリガーされる問題を修正¶
最新の hwloc バージョンに関する情報を報告する¶
CUDA 9.0 で単一コンパイルユニットを無効化する¶
その他の機能¶
GPUの整合性チェックでエラーが検出された場合に、mdrunを強制終了しないようにする¶
AMD Vega GPU での OpenCL カーネルのパフォーマンスを向上¶
OpenCLカーネルの最適化フラグは、明示的にデノрмаル処理を無効化せず、これによりパフォーマンスの低下につながる可能性がありました。最適化は、CUDAとの一貫性とパフォーマンス上の理由から、現在は明示的に有効になっています。AMD Vega GPU（ROCmを使用時）では、カーネルのパフォーマンスが最大30%向上します。