gmx insert-molecules¶

概要¶

gmx insert-molecules [-f [<.gro/.g96/...>]] [-ci [<.gro/.g96/...>]]
             [-ip [<.dat>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
             [-replace <selection>] [-sf <file>] [-selrpos <enum>]
             [-box <vector>] [-nmol <int>] [-conc <real>]
             [-try <int>] [-seed <int>] [-radius <real>]
             [-scale <real>] [-dr <vector>] [-rot <enum>]

説明¶

gmx insert-molecules は、-ci 入力ファイルで指定されたシステムに、-nmol 個の分子を挿入します。分子の数は、-conc (mol/リットル) の濃度と箱の体積からも決定できます。挿入は、-f で指定された溶媒の構造内の空きスペース、または -box で指定された空の箱に実行されます。-f と -box の両方を指定すると、-f と同様に動作しますが、挿入の前に溶媒の周囲に新しい箱を作成します。既存の速度はすべて破棄されます。

また、溶媒環境にも分子を挿入し、挿入された原子で溶媒原子を置き換えることも可能です。これを行うには、 -replace オプションを使用して、置き換えることができる原子を特定する選択を指定します。このツールは、この選択に含まれるすべての分子が単一の残基で構成されていることを前提としています。挿入された分子と重なる選択から抽出された各残基は、挿入を妨げるのではなく、削除されます。

デフォルトでは、挿入位置はランダム（初期シードは -seed で指定）です。プログラムは、ボックス内に -nmol 個の分子が挿入されるまで反復処理を行います。分子は、既存の原子と挿入された分子の原子との間の距離が、両方の原子のボーラス半径に基づいた合計よりも小さい場所に挿入されません。プログラムは、ボーラス半径のデータベース（vdwradii.dat）を読み込み、その結果を -scale でスケーリングします。データベースに半径が見つからない場合は、その原子に（事前にスケーリングされた）距離 -radius が割り当てられます。ただし、これらの半径の有用性は原子名に依存するため、フォースフィールドによって大きく異なります。

合計で -nmol * -try 回の挿入試行が行われます。複数の小さな穴を埋める必要がある場合は、 -try の値を増やしてください。オプション -rot は、挿入試行の前に挿入分子がランダムに方向付けられるかどうかを指定します。

代替案として、分子は positions.dat (-ip) に定義された位置にのみ挿入できます。そのファイルには、入力分子の位置（-ci）からの相対的な位置を示す3つの列（x、y、z）が含まれている必要があります。したがって、そのファイルに絶対的な位置が含まれている場合、gmx insert-molecules を使用する前に、分子を (0,0,0) に中心化する必要があります（例：gmx editconf の -center）。そのファイル内の # で始まるコメントは無視されます。オプション -dr は、挿入試行中に許可される最大移動量を定義します。-try と -rot は、デフォルトモードと同じように機能します（上記を参照）。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (オプション): 既存の設定を挿入する： gro g96 pdb brk ent esp tpr
-ci [<.gro/.g96/...>] (insert.gro): 設定するファイル： gro g96 pdb brk ent esp tpr
-ip [<.dat>] (positions.dat) (オプション): あらかじめ定義された挿入試行位置
-n [<.ndx>] (インデックスファイル) (オプション): 追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro): 挿入後の設定: gro g96 pdb brk ent esp

Other options:

-replace <選択範囲>: 削除できる原子
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (アトム): 選択基準位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-box <ベクトル> (0 0 0): 箱のサイズ（nm単位）
-nmol <int> (0): 挿入する追加分子の数
-conc <実数> (0): 挿入する追加分子の濃度（モル/リットル）。これは -nmol を上書きします。
-try <int> (10): -nmol回「-try」を挿入してみる
-seed <int> (0): ランダム生成のシード (0 は生成することを意味します)
-radius <実数> (0.105): デフォルトのボーラス距離
-scale <実数> (0.57): データベースにあるヴァン・デル・ワールス半径を乗算するためのスケールファクター。share/gromacs/top/vdwradii.dat に設定します。デフォルト値 0.57 は、タンパク質を水中で密度 1000 g/l に近づけるのに適しています。
-dr <ベクトル> (0 0 0): -ip ファイル内の位置からの x/y/z 方向への許容範囲
-rot <enum> (xyz): 挿入された分子をランダムに回転: xyz, z, なし