gmx hydorder

概要

gmx hydorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
             [-o [<.xpm> [...]]] [-or [<.out> [...]]]
             [-Spect [<.out> [...]]] [-b <time>] [-e <time>]
             [-dt <time>] [-[no]w] [-d <enum>] [-bw <real>]
             [-sgang1 <real>] [-sgang2 <real>] [-tblock <int>]
             [-nlevel <int>]

説明

gmx hydorder は、指定された原子の周囲の四面体性順序パラメータを計算します。 角度と距離の両方の順序パラメータが計算されます。 詳細については、「P.-L. Chau and A.J. Hardwick, Mol. Phys., 93, (1998), 511-518.」を参照してください。

gmx hydorder は、箱内の 3D メッシュにおけるオーダーパラメータを計算し、箱内に 2 つの相が存在する場合、ユーザーに 2D インターフェースを定義するオプションを提供します。これは、面を分離するためにパラメータ -sgang1 と -sgang2 を指定することで行われます（これらのパラメータは慎重に選択する必要があります）。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-n [<.ndx>] (index.ndx)

インデックスファイル

-s [<.tpr>] (topol.tpr)

ポータブル XDR 実行入力ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xpm> [...]] (intf.xpm)

X ピクマップ互換のマトリックスファイル

-or [<.out> [...]] (raw.out) (オプション)

汎用出力ファイル

-Spect [<.out> [...]] (intfspect.out) (オプション)

汎用出力ファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e (0)

最後に読み込むトレースファイルのタイム (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。

-[no]w (いいえ)

出力表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-d <列挙 (z)

膜上の法線の方向：z、x、y

-bw <実数値> (1)

箱メッシュの幅

-sgang1 <実数値> (1)

テトラエドラル角パラメータ（フェーズ1（バルク））

-sgang2 <実数> (1)

テトラエドラル角パラメータ（フェーズ2（バルク））

-tblock <整数> (1)

1つの時間ブロックあたりのフレーム数（平均）

-nlevel <整数> (100)

2Dにおける高さレベル数 - XPixMaps