gmx eneconv¶

概要¶

gmx eneconv [-f [<.edr> [...]]] [-o [<.edr>]] [-b <real>] [-e <real>]
            [-dt <real>] [-offset <real>] [-[no]settime] [-[no]sort]
            [-[no]rmdh] [-scalefac <real>] [-[no]error]

説明¶

*複数のファイル*を指定する -f オプションを使用する場合：

複数のエネルギーファイルをソートされた順に結合します。 2つの時間フレームがある場合は、後方のファイルのものを使用します。 -settime を指定すると、各ファイルの開始時間を指定するように求められます。入力ファイルはコマンドラインから指定し、コマンド gmx eneconv -f *.edr -o fixed.edr で実行できます。

*1つのファイル*を指定する -f オプションを使用する場合：

1つのエネルギーファイルと別のファイルを読み込み、-dt、-offset、-t0、`-settime`オプションを適用し、必要に応じて形式を変換します（ファイル拡張子で示されます）。

-settime が最初に適用され、その後 -dt/-offset、そして -b と -e を使用して書き込むフレームを選択します。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.edr> [...]] (ener.edr): エネルギーファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.edr>] (fixed.edr): エネルギーファイル

Other options:

-b (-1): 初めて使用する場合
-e (-1): 最後の利用可能時間
-dt <実数> (0): フレームを出力するのは、t MOD dt = offset の場合にのみ
-offset <実数> (0): -dt オプションのタイムオフセット
-[no]settime (無): インタラクティブに開始時間を変更する
-[no]sort (はい): エネルギーファイル（フレームではない）をソートする
-[no]rmdh (無): 自由エネルギーブロックのデータを削除する
-scalefac <実数> (1): エネルギーコンポーネントにこの係数を掛ける
-[no]error (はい): エラーが発生した場合に停止する

既知の問題¶

複数の軌跡を組み合わせる場合、シグマとE^2（統計に必要なもの）は正しく更新されません。実際のエネルギーの値だけは正しいです。そのため、統計を別の方法で計算する必要があります。