GROMACS 2021.6 リリースノート¶
このバージョンは2022年7月8日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2021.5バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2020.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
無料エネルギー除外に関するエラーメッセージを rlist 範囲外にも拡張する¶
フリーエネルギー分離シミュレーションにおいて、rlistを超えた除外の場合、箱が小さすぎるとエラーが発生することがあります。この原因が、エラーメッセージに追加されました。
Invalid section title or transition marker.¶
LJ PMEのみを使用したシミュレーションでは、タスクの割り当てに関するエラーにより、実行が失敗する可能性があります。
CUDAアップデートカーネルにおける同期の欠落を修正¶
SETTLEまたはLINCS制約を使用したGPUのアップデートを使用する場合、Voltaおよび最新のNVIDIA GPUでは、バイラル計算が不正確になる可能性があり、これにより圧力が不正確になる可能性があります。GPUアップデートはデフォルトでは有効になっていないため、このエラーは手動で選択されたシミュレーションでのみ発生する可能性があり、たとえそうであっても、テストを実施した結果、実際にはほとんど発生していないため、このエラーはまれである可能性があります。
実行が影響を受けていたかどうかを確認するには、以下のログファイルを確認してください
「GPUサポート：CUDA」という行を探してください。
「PP タスクは、GPU 上で座標を更新および制限します」という行を探してください。
「GPU Info」セクションで、GPUの「compute cap.」の値が7.0以上であることを確認してください。
もし、3つの条件すべてが満たされている場合、このバグはバイラル計算を妨げ、その結果、不適切な圧力結合につながる可能性があります。|Gromacs|の2021.6および2022.0以前のすべてのバージョン、および更新と制約計算をGPUにオフロードできるバージョンに影響します。
gmx ツールに関する修正¶
「gmx rms」を使用する際には、アトームの名前を推測しようとしないでください（必要な場合を除く）。¶
アトマの名前に基づいて原子質量を推測することが、場合によっては失敗することがあります。 -nomw オプションを使用する場合、原子質量は不要ですが、以前は gmx rms がそれらを推測しようとしており、未知の元素が見つかった場合に致命的なエラーを発生させていました。 現在、エラーは質量が実際に必要になった場合にのみ発生します。
移植性に影響を与える修正¶
その他の機能¶
ユーザーマニュアルにおけるAWH間隔の単位を修正¶
AWHを角度や二面角に適用する場合、ユーザーガイドのmdpセクションに記載されているサンプリング間隔の結合の単位は、現在「度」で指定されています。ガイドは誤って「ラジアン」で指定されていたと記載していますが、実際にはコードはユーザーからの入力を「度」として解釈します。
負の係数の場合における距離制約力の計算の修正¶
微弱な制約違反の場合、制約力が負の値になった場合に、二次関数モデルと線形関数モデルが入れ替わります。これは、強い制約違反の場合には、線形関数モデルを使用するためです。