修正されたバグ¶
「deform」オプションは、流体シミュレーションには適していませんでした。¶
`deform`オプションは、現在ボックスのみを変形し、原子の位置は修正しません。以前のバージョンとは異なり、周期的なボックスベクトルによって移動された粒子が変形された場合に、粒子の速度を修正します。これにより、`deform`はせん断流にも役立ちます。システムが特定の相互作用によって伸びてしまい、その結果問題が発生していた場合、これらの問題はほとんど影響を与えなかった可能性があります。`deform`を使用する場合は、速度プロファイルを生成する必要があります。`grompp`でこれを行うためのオプションが追加されました。
mdrunは、反応場とFEPを使用して、カットオフを超えた除外されたペアも確認するようになりました。¶
反応場電静力学と自由エネルギー計算を使用する場合、クーロンカットオフ距離を超える原子対は許可されません。 現在、mdrunはこれをチェックし、この場合にエラーを発生させます。
Lennard-Jones相互作用の欠如による圧力変動を制限¶
レンナー・ジョーンズ相互作用が支配的なシステム（つまり、静電力がほとんどまたは非常に弱いシステム、例えば、ほとんどの粗粒システム）の場合、Verletバッファは通常、レンナー・ジョーンズ相互作用が欠落した場合、ペアリストの寿命中に圧力が1バール以上増加するのを防ぐように設定されていました。今、平均圧の変化を制限するためのmdpパラメータが追加されました。デフォルトの許容値は0.5バールです。
enematは、「-free」または「-eref」オプションを使用する場合に、正しいヘッダーを出力するようになりました。¶
長年のバグを修正しました。 gmx enemat が XVG に不適切なヘッダーを出力する問題を修正しました。
gmxapi.commandline_operation は、input_files を絶対パスに暗黙的に変換します¶
input_files マッピング内の相対パスは、呼び出し元の作業ディレクトリに対して明示的に相対である。