フローチャート

これは、タンパク質を水で囲んだ箱の中で行う典型的な GROMACS MDシミュレーションのフローチャートです。エネルギー最小化には、いくつかのステップが必要であり、これらは以下のサイクルで構成されます： gmx grompp -> gmx mdrun。