gmx enemat

概要

gmx enemat [-f [<.edr>]] [-groups [<.dat>]] [-eref [<.dat>]]
           [-emat [<.xpm>]] [-etot [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
           [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-[no]sum]
           [-skip <int>] [-[no]mean] [-nlevels <int>] [-max <real>]
           [-min <real>] [-[no]coulsr] [-[no]coul14] [-[no]ljsr]
           [-[no]lj14] [-[no]bhamsr] [-[no]free] [-temp <real>]

説明

gmx enemat は、エネルギーファイル（-f）からエネルギー行列を抽出します。-groups オプションを使用する場合、各行に、使用する原子のグループを指定するファイルが必要です。これらのグループに対して、エネルギーファイルから相互作用エネルギー行列を抽出します。これは、エネルギーファイル内の、指定された原子グループのペアに対応する名前を持つエネルギーグループを検索することで行われます。たとえば、-groups ファイルに以下のような内容が含まれている場合：

2
Protein
SOL

その後、'Coul-SR:Protein-SOL' や 'LJ:Protein-SOL' のような名前のエネルギーグループがエネルギーファイルに存在することが期待されます（ただし、gmx enemat は複数のグループを同時に分析する場合に最も便利です）。異なるエネルギータイプの行列は、-[no]coul、-[no]coulr、-[no]coul14、-[no]lj、-[no]lj14、-[no]bham、および -[no]free オプションによって制御され、個別に書き出されます。最後に、グループごとの総相互作用エネルギーを計算できます（-etot）。

自由エネルギーの近似値は、次の式で計算できます: E_free = E_0 + kT log(<exp((E-E_0)/kT)>), ここで "<>" は時間平均を表します。 自由エネルギーの差を特定の基準状態と比較するために、基準となる自由エネルギーを含むファイルを提供できます。 基準ファイル内のグループ名（例：残基名）は、-groups``ファイルで使用されているグループ名と一致させる必要がありますが、-groups``ファイルに付加された数値（例：残基番号）は比較には無視されます。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.edr>] (ener.edr) (オプション)

エネルギーファイル

-groups [<.dat>] (groups.dat)

汎用データファイル

-eref [<.dat>] (eref.dat) (オプション)

汎用データファイル

出力ファイルの指定オプション:

-emat [<.xpm>] (emat.xpm)

X PixMap互換のマトリックスファイル

-etot [<.xvg>] (energy.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e <時間> (0)

読み込む最後のフレームの時刻 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。

-[no]w (no)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg <enum> (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-[no]sum (no)

選択したエネルギー項の合計を表示するのではなく、それらをすべて表示するのではなく、合計を表示します。

-skip <整数> (0)

データポイント間のフレーム数をスキップする

-[no]mean (はい)

-groups を使用すると、各タイムステップごとの行列ではなく、平均エネルギーの行列が抽出されます。

-nlevels <int> (20)

マトリックスの色レベル数

-max <実数> (1e+20)

max value for energies

-min <実数> (-1e+20)

最小エネルギー値

-[no]coulsr (有効)

コヨーラムのSRエネルギーを抽出する

-[no]coul14 (無)

コクーレンの1～4エネルギーを抽出する

-[no]ljsr (はい)

Lennard-Jones SR エネルギーを抽出する

-[no]lj14 (無)

Lennard-Jones の 1-4 エネルギーを抽出する

-[no]bhamsr (無)

バッキンガム SR エネルギーを抽出する

-[no]free (はい)

自由エネルギーを計算する

-temp <実数> (300)

基準温度（自由エネルギー計算用）