主要機能

GROMACS 2018は2018年1月10日にリリースされました。それ以降にパッチリリースが行われた可能性がありますので、最新版をご利用ください。以下に、期待できる主な機能と、詳細については以下のリンクをご参照ください！

もちろん、今回も、GPUを使用する場合と使用しない場合の両方で、いくつかの役立つパフォーマンス改善が含まれています。これらの改善はすべて、デフォルトで有効化され、自動化されています。シミュレーションとハードウェアでの動作について、皆様からのフィードバックをぜひお聞かせください。具体的には、以下の点についてご意見をお聞かせください。

  • PMEの長距離相互作用は、単一のGPU上で実行できるようになり、これにより、優れたパフォーマンスを得るために必要なCPUコアの数が大幅に削減されます。

  • 最新のCPUアーキテクチャ（AMD Zen、Intel Skylake-X および Skylake Xeon-SP）向けに、SIMDのサポートを最適化しました。

以下のような新機能も利用可能です。

  • AWH（加速重みヒストグラム）メソッドがサポートされるようになりました。これは、自由エネルギー障壁を克服し、自由エネルギーを計算するために使用される適応バイアス法です（詳細はhttps://doi.org/10.1063/1.4890371をご参照ください）。

  • 短距離相互作用のための新しいデュアルリスト動的剪定アルゴリズム。このアルゴリズムは、内部リストと外部リストを使用し、より長く存続する外部リストを可能にします。これにより、全体的な処理量を減らし、"nslist"パラメータの選択に対する実行の感度を低減します。

  • 物理検証スイートが追加され、シミュレーションのシリーズを実行することで、シミュレーション間のエネルギー分布などの期待される統計的特性を検証します。これにより、コードが期待されるアンサンブルを正しくサンプリングしていることを確認できます。

  • 保存された量は、より多くの統合スキームに対して計算および報告されます - これには、すべてのBerendsenおよびParrinello-Rahmanスキームが含まれます。