GROMACS ツールへの改善¶
gmx msd は trajectoryanalysis フレームワークに移行されました。¶
このツールは、|Gromacs|のセレクション構文を使用するようになりました。セレクションを標準入力経由でパイプするのではなく、-sel`オプションを使用してセレクションを行います。新しいオプションである`-maxtau``が追加され、MSDを計算するために比較するフレーム間の最大時間差を制限できます。これにより、通常はメモリ不足や大規模なシステムでの実行速度の低下を引き起こす問題を抱えるユーザーが、有用なtau値に制限されたサンプリングを行うことができます。
この移行により、実行時間の約20%の高速化が実現します。
以下のような、まれに使用される機能の一部がまだ移行されていません。
-tensorオプションはまだ実装されていません。システムからの COM の削除は、
-rmcommオプションを使用してもまだ実装されていません。`-pdb`オプションを使用したBファクターの書き込みは、まだサポートされていません。
わずかな動作変更は、-mw オプションの削除です。 gmx msd を -mol オプションとともに使用すると、分子の質心の MSD を計算しますが、-mol オプションが指定されていない場合は、質量による重み付けは行われません。 以前の GROMACS バージョンでは、-mw はデフォルトで有効になっており、-mol が選択された場合に -nomw は黙って無視されていました。 この変更により、-mol オプションを指定せずに、非均質な粒子グループに対して MSD を計算する場合にのみ、結果が異なるようになります。
gmx lie は、reruns からエネルギーファイルを読むようになりました。¶
このツールは以前、.edrファイルに圧力フィールドが存在することを前提としていました。しかし、.edrファイルが再実行された場合に、このフィールドが存在しなくなる可能性があります。ただし、圧力フィールドの存在を前提とすることは必要ではありませんでした。そのため、現在はツールが正常に動作します。
gmx chi は、カスタム残基の定義のために residuetypes.dat ファイルへのエントリを必要としなくなりました。¶
「residuetypes.dat」にカスタム残基の名前を追加する必要性がなくなりました。これは、実質的な機能を持っていなかったためです。これにより、「gmx chi」の使用が容易になります。
gmx wham のテキスト出力には、いくつかの軽微な改善が加えられました。¶
ファイル操作と入力ファイルの内容に関するレポートがより分かりやすくなりました。
gmx do_dssp は DSSP バージョン 4 をサポート¶
新しい DSSP バージョン 4 プログラムは、do_dssp を使用して、オプション -ver 4 を指定し、DSSP 環境変数を mkdssp 実行ファイルのパスに設定することで使用できます (例: setenv DSSP /opt/dssp/mkdssp)。
gmx trjconv -dump が確実に動作するようになりました¶
現在、ダンプ時刻に最も近いフレームは、常に書き込まれるようになり、時間範囲が軌跡ファイル内に存在しない場合でも、ダンプ時刻が軌跡ファイル内の任意のフレームの時刻よりも前または後に設定されていても問題ありません。 軌跡ファイル内のフレームが時間順に並んでいる場合に、任意のフレームの時刻よりも大きい任意の時刻でダンプを要求することで、最後のフレームを取得できます（例：gmx trjconv -dump 9999999）。
gmx trjconv は TNG ファイル内の選択をより適切に処理します¶
TNGファイルの作成時に、ユーザーが特定の原子のみを選択するように指定した場合でも、システム全体が作成されていました。今後は、選択された原子のみが作成されるように変更されます。もし、選択の名前が分子の種類と一致し、選択された原子がその分子に含まれている場合、分子は正しく作成され、分子の数などが正しく表示されます。しかし、選択が分子内の一部の原子、または複数の分子の原子と一致する場合、TNGファイルには、それらすべての原子を含む単一の分子インスタンスが作成されます。
gmx pdb2gmx は、OPLS-AA 力場を使用する場合に、電荷を持つグルタミン酸 (QLN) を受け入れなくなりました。¶
(非標準) の電荷を持つグルタミン残基には、捩り角の定義が欠けていました。Gromppはデフォルトの捩り角を使用します。エラーを回避するため、OPLS-AAの力場から電荷を持つグルタミン残基が削除されました。
gmxapi.commandline_operation は、作業ディレクトリを分離します。¶
現在、ラップされたコマンドライン操作のために起動される子プロセスは、独自のサブディレクトリで実行されます。 output_files 入力と file 出力のマッピングを使用しているユーザーには影響はありません。ラップされたコマンドが実行される場所に関する前提に依存しているユーザーは、スクリプトを調整する必要があります。
stderr、stdout、および file の出力メンバーは、引き続きコマンドの出力を取得するための主要な手段です。さらに、新しい directory の出力は、サブプロセスのために使用されたファイルシステムのパスを提供します。詳細は、gmxapi.commandline_operation を参照してください。