GROMACS 2024.3 リリースノート¶
このバージョンは2024年8月29日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2024.2バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2023.5バージョン以前に実施されたすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
MTTK バーオスタットを使用した二重分散修正の削除¶
MTTKバロスタットを使用し、分散補正を行った場合、圧力補正が2回適用されました。これにより、密度が過剰になりました。
大規模な質量のみを持つシステムのゼロ・バーレル・バッファを修正する¶
ほとんどのシステムの質量がゼロよりも大幅に大きい場合、Verletバッファの推定値がゼロになる可能性があります。これにより、粗粒度のシミュレーションに影響が出る可能性があります。
ペア相互作用の不適切なエネルギーグループの割り当てを修正¶
結合したペア間のエネルギー、通常は1〜4の相互作用に対して、誤ったエネルギーグループのペアが割り当てられる可能性があります。これにより、自由エネルギー計算において、不正なメモリアクセスが発生する可能性があります。
AWH指標を、自由エネルギーとBeutlerのハードウェアコアを用いて修正¶
AWHの指標は、Beutlerのソフトコア相互作用を使用した場合、自由エネルギーの次元に対して不正確でした。しかし、この問題は自由エネルギー自体には影響を与えませんでした。
Lennard-Jones の力場切り替えをフリーエネルギーカーネルに実装する¶
Lennard-Jones の非相互作用的な相互作用が変化した場合、単純なカットオフと、強制スイッチが指定された場合にのみ有効なポテンシャルシフトを使用します。これにより、ポテンシャルと力の計算に発生する誤差は、一般的な Charmm の設定では無視できる程度です。完全で密なシステムを (de)カップリングする場合、圧力にわずかな誤差が生じますが、これは単一分子をカップリングする場合にも無視できる程度です。
mdrunは、周期性分子に対して初期の結合距離を計算するようになりました。¶
周期分子を使用する場合、mdrunが「複数の結合相互作用の割り当て」に関するエラーメッセージで終了することがありました。これは、mdrunが結合相互作用に必要な通信距離を特定できていなかったことが原因でした。現在は、この距離が特定されるようになりました。
無効なデバイスストリームの使用を避けてください¶
この問題は、GCC 13 の標準ライブラリに含まれる、NULL ポインタへのアクセスを防ぐためのアサーションによってのみ検出されています。NULL ポインタへのアクセスは、実際のシミュレーションでは使用されていませんでした。
修正：Arm SVE SIMDにおけるマスクと整列チェック¶
ダブル精度 SVE の実装には、256 ビット以上の SVE 実装に対する誤ったマスクが含まれていました。これにより、最初のステップで極端な力が/クラッシュが発生する可能性があり、これは決して生産環境でのシミュレーションに影響を与えることはありませんでした。一部の SVE ルーチンのアライメントチェックも、SIMD の幅に合わせて変更されていますが、これは Arm では形式的に必須ではないため、エラーを引き起こすことはありません。
アトム密度の計算時に、有効なカットオフが確実に適用されるように、アサートを追加しました。¶
シミュレーションにおいて、`:mdp:`で`rvdw`と`rcoulomb`が0に設定されている場合、有効な原子密度を計算する際に、セグメンテーション違反が発生する可能性があります。現在、この問題は、有効な値を検証し、適切な理由とともに処理を停止することで対処されています。
gmx ツールに関する修正¶
gmx tune_pme が md.log ファイルを理解できるようにする¶
2024年に md.log ファイルの形式が変更され、これにより gmx tune_pme が以前の実行方法を解析して理解することができなくなりました。現在は gmx tune_pme がより適切に理解できるようになりました。
convert-tpr が速度なしの tpr ファイルでクラッシュするのを回避する¶
convert-tpr は、速度が含まれていない tpr ファイルにも対応できるようになりました。これは、例えばエネルギー最小化で生成されるファイルの場合に利用できます。
「gmx hbond」を使用する際に、早期の終了を避ける¶
修正しました。gmx hbond が、選択されたセレクション内に水素結合の供与体または受容体がない場合に、予期せず終了する原因となるエラー。
AWH（平均水素原子半径）のカバー直径がゼロの場合に、バイアスを共有する際に注意喚起を追加¶
Andersen Massive サーモスタットと制約を使用して、TPR（温度応答性）の生成を修正¶
アンダーセンのサーモスタット（制限付き）に対して、TPRファイルの生成を禁止する制限が、誤ってアンダーセン・マッシブのサーモスタットにも適用されていました。
QMMM MdModuleで生成されたCP2Kファイルのファイル名を修正¶
「grompp -qmi」オプションでファイルが提供されなかった場合、モジュールは「topol/」内の「_cp2k.inp」を使用しました。
gmx grompp で、カットオフが有効であることを確認するチェックを追加しました。¶
少なくとも、Verletカットオフスキームを使用する場合は、:mdp:`rvdw または :mdp:`rcoulomb のいずれかが 0 より大きい必要があります。これは、現在 gmx grompp によってチェックされます。
修正 gmx dump コマンドの動作、オプション -sys と -orgir¶
これらの gmx dump オプションは効果がありませんでした。現在は修正されています。
移植性に影響を与える修正¶
システム全体にGoogleTestがインストールされている場合に、ビルドが成功するよう修正¶
一部のケース（たとえば、FreeBSDの場合）において、|Gromacs|のビルドシステムがGoogleTestの異なるバージョンを混在させることがあり、これによりコンパイルエラーが発生する可能性があります。現在、常にバンドルされたバージョンを使用するようにしています。
その他の機能¶
修正：rocFFTが標準以外の場所にインストールされている場合の検出¶
PVCでのoneAPI 2024.2におけるパフォーマンスの低下を修正¶
oneAPI 2024.2 では、デバイスコンパイラが自動的に GRF の選択を行うようになり、Intel Data Center GPU Max (Ponte Vecchio) デバイスで NBNxM カーネルのパフォーマンスが最大 50% 悪化する原因となりました。現在、PVC で小規模の GRF モードの使用を強制することで、この問題を回避しています。Arc GPU には影響はありません。