gmx tcaf

概要

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
         [-ot [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-of [<.xvg>]]
         [-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
         [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-[no]mol] [-[no]k34]
         [-wt <real>] [-acflen <int>] [-[no]normalize] [-P <enum>]
         [-fitfn <enum>] [-beginfit <real>] [-endfit <real>]

説明

gmx tcaf は、横方向電流の自己相関を計算します。これらは、せん断粘性（η）を推定するために使用されます。詳細は、Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) pp 359-366 を参照してください。

横方向の電流は、(1,0,0) および (2,0,0) それぞれ y 軸および z 軸方向、(1,1,0) および (1,-1,0) それぞれ 2 つの他の平面方向、および (1,1,1) と 3 つの他の箱の対角線（これらは独立ではありません）の k-ベクトルを使用して計算されます。 各 k-ベクトルの場合、サインとコサインは、2 つの直交方向の速度と組み合わせて使用されます。 これにより、合計で 16 * 2 * 2 = 64 の横方向の電流が得られます。 各 k-ベクトルのために 1 つの自己相関が計算され、これにより 16 個の TCAF が得られます。 これらの TCAF は、f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)) に適合され、v = -t/(2 tau)、W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2) となります。 これにより、16 個の tau と eta の値が得られます。 適合の重みは、時間定数 w（「-wt」で指定）の指数関数的に時間とともに減衰し、exp(-t/w) で表され、TCAF と適合は 5*w 時間まで計算されます。 eta の値は、1 - a eta(k) k^2 に適合され、これを使用して k=0 のときのせん断粘度を推定できます。

ボックスが立方体の場合、「-oc」オプションを使用できます。このオプションは、同じ長さのすべてのkベクトルのTCAFを平均化します。これにより、より正確なTCAFが得られます。立方体のTCAFとフィットも「-oc」に書き込まれます。立方体のetaの推定値も「-ov」に書き込まれます。

オプション -mol を使用すると、原子ではなく分子の横方向電流が計算されます。この場合、インデックスグループには原子番号ではなく分子番号を使用する必要があります。

「-ov」ファイル内のk依存性のある粘度は、無限の波長における粘度を得るために、eta(k) = eta_0 (1 - a k^2) に適合させる必要があります。

注記: 座標と速度を十分に記述するようにしてください。自己相関関数の初期、指数関数的なでない部分は、良好な適合を得るために非常に重要です。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)

完全精度軌跡: trr cpt tng h5md

-s [<.tpr/.gro/...>] (topo.tpr) (オプション)

構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-ot [<.xvg>] (transcur.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

-of [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e <時間> (0)

読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームを使用するタイミングは、t を dt で割った結果が初めての回数 (デフォルト単位: ps) と等しい場合のみ。

-[no]w (いいえ)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg <enum> (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-[no]mol (無)

分子のTCAFを計算する

-[no]k34 (無)

また、k=(3,0,0)とk=(4,0,0)を使用することも可能です。

``-wt <実数値> (5)

TCAF の適合における指数関数的減衰時間

-acflen <int> (-1)

ACF の長さは、デフォルトでフレーム数の中央値

-[no]normalize (はい)

ACF の正規化

-P <列挙> (0)

ACF (0 はなし) 用のレジェンドル多項式の順序: 0, 1, 2, 3

-fitfn (無)

関数: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit <実数値> (0)

相関関数の指数関数的な適合を開始する時間

-endfit <実数値> (-1)

指数関数的な適合の連関関数の終了時間を指定します。-1 は、終了まで