gmx rotacf

概要

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
           [-o [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>]
           [-[no]w] [-xvg <enum>] [-[no]d] [-[no]aver]
           [-acflen <int>] [-[no]normalize] [-P <enum>]
           [-fitfn <enum>] [-beginfit <real>] [-endfit <real>]

説明

gmx rotacf は、分子の回転相関関数を計算します。インデックスファイルには、2つのベクトル ij と jk を定義する原子トリプレット (i, j, k) を指定する必要があります。回転相関関数は、ベクトル n = ij x jk の自己相関関数として計算されます。これは、2つのベクトルのクロス積です。3つの原子が平面を定義するため、3つの原子の順序は重要ではありません。オプションで、-d スイッチを使用すると、インデックスファイルに原子ペア (i, j) を指定することで、線形分子の回転相関関数を計算できます。

EXAMPLES

gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n index -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -beginfit 2.5 -endfit 20.0

これにより、インデックスファイルで定義されたベクトルの角度の1次レジェンド多項式を使用して、回転相関関数を計算します。相関関数は、2.5 psから20.0 psまでの範囲で、2パラメータの指数関数に適合されます。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr>] (topol.tpr)

ポータブル XDR 実行入力ファイル

-n [<.ndx>] (index.ndx)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e (0)

読み込むトレースファイルの最後のフレームの時刻 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。

-[no]w (いいえ)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg <enum> (xmgrace)

形式: xmgrace, xmgr, なし

-[no]d (無)

相関関数にインデックスの二重組（ベクトル）を使用するのではなく、三つ組（平面）を使用する

-[no]aver (有効)

平均値（分子あたり）

-acflen <int> (-1)

ACFの長さは、デフォルトでフレーム数の中央値

-[no]normalize (有効)

ACF の正規化

-P <enum> (0)

ACF (0 はなし) のレジェンドの多項式の順序: 0, 1, 2, 3

-fitfn (なし)

関数: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit <実数値> (0)

相関関数の指数関数的な適合を開始する時間

-endfit <実数値> (-1)

時間：相関関数の指数関数的なフィッティングを終了する時間。-1 は、終了まで