gmx pme_エラー

概要

gmx pme_error [-s [<.tpr>]] [-o [<.out>]] [-so [<.tpr>]] [-beta <real>]
             [-[no]tune] [-self <real>] [-seed <int>] [-[no]v]

説明

gmx pme_error は、sPME アルゴリズムを使用する場合の静電場の誤差を推定します。 -tune フラグを使用すると、誤差が実空間と反復空間の両方に均等に分布するように分割パラメータが決定されます。 粒子間の相互作用による誤差の計算は、計算コストが高くなります。 ただし、この項については、一部の粒子のみを使用することで、ある程度の近似を得ることができます。 これは、-self フラグで指定できます。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)

ポータブル XDR 実行入力ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.out>] (error.out)

一般的な出力ファイル

-so [<.tpr>] (tuned.tpr) (オプション)

ポータブル XDR 実行入力ファイル

Other options:

-beta <実数> (-1)

もし正の値であれば、この値を ewald_beta に上書きします。元の値は .tpr ファイルから取得します。

-[no]tune (無)

分割パラメータを調整して、実空間と反復空間の間でエラーが均等に分布するようにする。

-self <実数値> (1)

0.0と1.0の間にある場合、この電荷粒子の一部の割合から、自己相互作用誤差を決定します。

-seed <整数> (0)

モンテカルロアルゴリズムで使用される乱数シード。 -self が 0.0 から 1.0 の範囲の値に設定されている場合に使用されます。

-[no]v (無)

大きな音を立てる