GROMACS 2022.3 リリースノート¶
このバージョンは2022年9月2日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2022.2バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2021.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
エネルギー最小化は、GPUを使用せずに、またはDDを使用せずに収束しませんでした。¶
非相互作用の計算にGPUを使用し、ドメイン分解を使用しない場合、 steepest descent および conjugate gradient の最適化アルゴリズムは収束しません。
ラムダのみのレプリカ交換の設定が、誤って温度+ラムダのブランチにルーティングされる¶
ラムダのみモードのレプリカ交換が有効になっている場合、すべての参照温度 ref-t はレプリカ間で同じ値になります。ただし、別のブランチの温度+ラムダの値は、ログメッセージに基づいて使用されます。
gmx ツールに関する修正¶
修正：pdb2gmx と vsite のアサインメントに関する問題¶
pdb2gmx の vsite 割り当てコードは、原子の数のみに基づいて、二次アミンのような構造に対して常に平面的な vsite を選択していました。しかし、今回は構造の形状を考慮するように変更されました。
C-rescale barostat の使用を、温度との連携なしで禁止する¶
C-rescale barostatは、現在、thermostatから参照温度を取得します。 gromppには、温度カップリングまたはBD/SDが存在する場合のチェックが追加されます。また、参照温度がすべて等しい場合に警告が生成されます。
非互換オプションの場合、gmx hbond での h-結合の統合を防止する¶
複数の hbonds を 1 つのドナー-アクセプターペアからマージするオプションは、すべての hbonds を分析したり、ドナー-アクセプターペアの検索方法を変更したりする他のオプションとは連携しません。そのため、互換性のない組み合わせが使用された場合、ツールは停止します。
「-hbn」オプションを使用して、マージを有効にした状態で水素結合情報をエクスポートする場合、以前はランダムな水素のインデックスが出力されていました。混乱を避けるため、インデックスファイルには「-1」が使用されるようになりました。完全な水素結合情報を取得する場合は、「-nomerge」オプションを使用してください。
インデックス生成時に重複するグループの生成を修正¶
gmx make_ndx と gmx セレクト の両方で、タンパク質またはヌクレオチドとして定義されていない分子に対して、インデックスグループが重複して生成されるという、コード内の論理的なエラーが発生します。システムに定義された追加のグループが原因で、検出プロセスが再度実行され、重複したグループが生成されます。
移植性に影響を与える修正¶
さらにnvccフラグの検出に関する修正¶
バージョン 2022.1 では、gcc 11 用の nvcc フラグ検出の問題が修正されましたが、この修正により、古いバージョンの gcc では問題が発生しました。バージョン 2022.2 では、gcc 7 用にこの問題を修正しましたが、他のバージョンの gcc では問題が残りました。このリリースでは、すべての gcc バージョンでこの問題を回避するための修正が提供されます。
gcc-11 と nvcc 11.6.1 の互換性の問題について¶
Ubuntu 22.04 で、デフォルトの gcc と nvcc コンパイラ間の既知の互換性の問題を文書化し、その問題を回避する方法の手順を記載しています。
その他の機能¶
mdrun のログファイルにおけるエネルギー出力のフォーマットを改善する¶
mdrun のログファイルは、最大列幅を超えないように、エネルギーフィールド名を短縮された形式でより多く表示するように変更されました。
AVX_128_FMA SIMD に関する警告メッセージの改善¶
この命令セットは、FMA4拡張をサポートする初期のAMD CPUでのみ動作します。Zen1以降、AMDはFMA3（Intelハードウェアと同様）をサポートするように変更しましたが、残念ながらSIMD命令セットは段階的に進化しません。現在、並行実行時にこれを検出し、標準の256ビットAVXを使用し、FMA4命令セットが互換性のないハードウェアで使用されている場合に、実行がクラッシュする可能性について警告します。
GPUのアップデート実行時に不要なメモリ再割り当てを削除する¶
GPU メモリの割り当てが、GPU の更新が有効になっている場合に繰り返し行われる問題を修正しました。これにより、パフォーマンスが大幅に改善されます。メモリ割り当ては、必要な場合にのみ行われるようになります。