雑多¶
マニュアルのスタティックダイナミクス統合器に関する注記を更新¶
SDセクションのBerendsenに関するコメントは古くなっていました。モードの平衡/減衰に関する数文を追加しました。
Parrinello-Rahman + 位置制約に関するgromppの注記を追加¶
この組み合わせは不安定になることがあり、通常は望ましくないため、gromppはユーザーに代替案を提案するメモを表示します。
参照：2330
Fmax の説明を明確化しました（エネルギー最小化の文脈で）。¶
並行チェックの改善¶
`vsite`構造は、現在、ドメイン分割が構成されているかどうかを内部的に保存するように変更されました。これにより、追加された有効な`commrec`に関する内部チェックが可能になり、これにより、以前の問題である：issue:`2257`を回避できます。
TNGファイルで質量と部分電荷の記述を部分的にサポートするように追加¶
TNGをバージョン1.8.1に更新¶
アトムの質量に関するデータブロックを追加しました。
修正：issue：2187 および issue：2250 などのバグおよび警告。
DLB出力にロードバランシングの割合を追加¶
DLB は、特に GPU を使用する場合、ステップ全体の時間のほんの一部に基づいて計算されることがよくあります。 現在、この情報は md.log と stderr に出力されます。
OPLSにおけるジヘドラル関数の参照を追加しました。¶
OPLSの4項二面角関数は、以前に挙げられた文献に記載されていなかったので、この部分を修正しました。また、3項二面角関数の参照を、より古い論文に更新しました。
ドキュメントの多くの側面が更新されました¶
ウィキからさらに多くの資料をインポートおよび更新しました。多数の追跡された問題からの提案を取り入れました。ユーザーガイド、開発者ガイド、インストールガイド、およびリファレンスマニュアルを更新しました。
mdrun のシグナルヘルプテキストを更新¶
古いおよび最近の変更に対応した、シグナル処理に関する`mdrun`ヘルプテキストを更新しました。
修正：2324
誤ったコマンドライン引数をより適切に処理するように変更¶
一部の gmx モジュールは、オプション引数以外の引数を受け入れる必要があり、一部は受け入れる必要がありません。そのような動作をサポートするための機能を導入し、コマンドラインにハイフンが欠けている場合に（たとえば、チュートリアルのために不便な PDF ファイルからコピー＆ペーストした場合など）役立つエラーメッセージを表示するようにしました。関連するケースのテストカバレッジを向上させました。
不要なコマンドライン引数の文字列を、テストケースから削除しました。これらの引数は、実際には必要ではありませんでした。
また、文字列オプションの処理に関するいくつかの動作をテストし、意図を反映するために、いくつかのテスト入力文字列の名前を変更しました。
GPUでの実行時に、複数のエネルギーグループの使用を許可しないように変更されました。¶
単に警告を表示するのではなく、致命的なエラーで終了するようにします。なぜなら、警告を表示するだけでは、エネルギーファイルに誤ったエネルギーグループのデータを書き込んでしまうからです。
GMXLIB検索パスの重複を削除¶
重複している、またはデフォルトの検索パスと同一のエントリを削除することで、例えば、同一の力場を複数回リスト表示することを回避します。
ログに参照プルグループ 0 の書き込みを停止に変更¶
これは、絶対参照に使用される内部グループであり、ユーザーが設定できないため、印刷すると混乱を招くだけです。