GROMACS 2025.3 のリリースノート¶

このバージョンは2025年8月29日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2025.2バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2024.6バージョンおよびそれ以前に適用されたすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。

mdrun が誤った動作をする問題を修正¶

AWH（自由エネルギーラムダ座標）は使用されていません。¶

AWH を使用して自由エネルギーラムダ座標（およびその他の次元を使用しない場合）、ラムダ状態は初期状態に留まり、すべての結果として得られる自由エネルギーはゼロになります。影響を受けるバージョン：2024.4、2024.5、2025.0、2025.1 および 2025.2。

Issue 5371

`gmx mdrun` は、モジュールシミュレータと互換性のない入力でエラーを発生させます。¶

デフォルトでは、gmx mdrun は可能な場合はモジュール式シミュレータを選択し、必要に応じて従来のシミュレータにフォールバックします。この動作は、ドキュメント化された環境変数を使用して指定できます。この修正により、GMX_USE_MODULAR_SIMULATOR 環境変数の使用が正しく尊重されます。シミュレーションがモジュール式シミュレータを使用できない場合、エラーが表示されます。

Issue 5339

`gmx` ツールに関する修正¶

移植性に影響を与える修正¶

SYCL のビルドが BUILD_SHARED_LIBS=off で動作するようになりました。¶

以前、「gmx」と一部のテストバイナリが、SYCL実行ライブラリへのリンクに必要な情報が不足しているため、「libgromacs.a」へのリンクに失敗していました。SYCLビルドでの実行可能ファイルのリンクは、現在より堅牢になりました。

Issue 5341

ROCm 7 以降でのビルド問題を修正¶

Gromacs のビルドとリンクは、主要な HIP ライブラリのリンク動作の変更により失敗する可能性があります。

Issue 5380

「Gromacs」のビルドは、ROCm 7 での __AMDGCN_WAVEFRONT_SIZE マクロの削除により失敗します。

Issue 5259

SYCL および VkFFT を使用した場合の構成エラーメッセージの改善¶

GROMACS を SYCL と VkFFT で構成し、Intel デバイスをターゲットとする場合、エラーメッセージが表示され、SYCL と VkFFT の併用がサポートされていないことを示唆します。このメッセージは、このサポートの欠如が Intel デバイスにのみ適用されるという記述を追加して修正されました。

Issue 5401

修正：構成時に使用できない MKL GPU オフロードライブラリの検出¶

以前は、MKL GPU オフロードライブラリの開発ヘッダーが見つからなかった場合でも、設定が正常に完了し、コンパイルが失敗することがありました。現在は、この場合にエラーが発生します。

Issue 5400

NVIDIA sm_101 / sm_110 デバイスのビルド問題を修正¶

Issue 5366

その他の機能¶

PME（物理モデルの交換）の調整をマルチレプリのシミュレーションで実施した場合、予想外の結果が得られることを示しました。¶

PME（ポテンシャルエネルギー最小化）の調整は、名義的に等価なモデル物理学を選択しますが、複数のレプリケーションシミュレーションにおける異なるレプリケーションに対して選択された調整間に一貫性がないことを保証するものではありません。したがって、ポテンシャルエネルギーの比較の詳細な分析は、予期せぬ結果をもたらす可能性があります。例えば、PLUMEDを使用してハミルトニアンレプリカ交換シミュレーションをテストする場合、PMEの調整を無効化することをお勧めします。

Issue 5278

mdrunを使用すると、GPUを使用した場合、ドメイン分割の数が2倍になるという報告がありました。¶

GPUを使用している場合、ログファイルの末尾にあるサイクルカウントテーブルには、分解された次元の数 + 1 の倍数の、ドメイン分解の呼び出し回数が報告されていました。時間とサイクルカウントは正確でした。

Issue 5369

NVIDIA CUDA 13 ツールキットを使用したコンパイルのサポートが追加されました。¶

CUDAツールキットのバージョン13以降でNVCCコンパイラを使用する場合に、CUDAビルドの失敗を防ぐために必要なコンパイルオプションの追加。

Issue 5389

サードパーティ製のヘッダーファイルのインストールは避けてください。¶

修正しました。以前、|Gromacs|がmuParserヘッダーをインストールし、それらが個別のmuParserパッケージと競合する問題を修正しました。

Issue 5282

libgromacsは、明示的に必要な場合にのみMPIライブラリへのリンクを行います。¶

以前、gmxapi が誤って GROMACS を MPI ライブラリとコンパイルおよびリンクするようにトリガーすることがありました。この問題は修正されました。

Issue 5395

`gmxapi`オプションがMPIパッケージを検索する前に宣言されました¶

以前は gmxapi が MPI ライブラリの後に設定されることがあり、その結果、CMake が次の実行時に libgromacs がそれらのライブラリを必要としない場合でも、gmxapi を支援するために MPI ライブラリを見つけるように決定していました。しかし、現在では、この方法で CMake キャッシュが実行間で異なることはありません。