コマンドラインリファレンス¶
GROMACS は、分子動力学シミュレーションの準備、実行、および分析のための多くのツールを含んでいます。これらはすべて、単一の gmx ラッパーバイナリの一部として構造化されており、gmx grompp や gmx mdrun などのコマンドを使用して呼び出すことができます。これらのドキュメントは、以下のセクション、および man ページ (例: gmx-grompp(1))、または gmx help command または gmx command -h を使用してアクセスできます。
もし、|Gromacs|のMPI版をインストールした場合、デフォルトでは：コマンド:`gmx`が：コマンド:`gmx_mpi`として呼び出されるため、それに合わせて設定する必要があります。
コマンドラインインターフェースと慣例¶
すべてのGromacsコマンドは、引数（つまり、ダッシュで始まる引数）の前にオプションを必要とします。コマンドライン引数のほとんどは、オプション名とその後に引数（または複数の引数）を必要とします。引数は、スペースで区切られた別のコマンドライン引数である必要があります（例：-f traj.xtc）。複数の引数をオプションに指定する必要がある場合は、それらを同様に区切る必要があります。一部のオプションには、デフォルトの引数も設定されており、オプションを指定せずに使用すると、デフォルトの引数が使用されます。オプションが指定されていない場合、デフォルト値が使用されます。オプションファイルの場合、デフォルトではそのファイルを使用しない場合があります（後述）。
すべての GROMACS コマンドオプションは、単一のダッシュで始まり、それが1文字または複数の文字である場合でも同様です。ただし、2つのダッシュも認識されます（5.1以降）。
コマンド固有のオプションに加えて、一部のオプションは :command: gmx ユーティリティによって処理され、任意のコマンドで指定できます。 該当するオプションのリストについては、wrapper binary help を参照してください。 これらのオプションは、コマンド名（例：gmx -quiet grompp）の前に、および後に（例：gmx grompp -quiet）指定できます。 また、-hidden オプションを -h と組み合わせて使用すると、高度な/開発者向けオプションのヘルプを表示できます。
ほとんどの分析コマンドは、実行入力ファイルまたは構造ファイルよりも少ない原子数を持つ軌跡を処理できますが、ただし、軌跡が実行入力ファイルまたは構造ファイルから最初の n 個の原子で構成されている場合に限ります。
特定のコマンドラインオプションの処理¶
- ブールオプション
ブール型のフラグは、
-pbc`のように指定したり、-nopbc`のように否定したりすることができます。また、-pbc no`や-pbc yes`のように明示的な値を指定することも可能です。- ファイル名 オプション
引数でファイル名を指定できるオプションには、デフォルトのファイル名を指定できる機能があります（デフォルトのファイル名は、そのオプションに固有のもの）。
必要なオプションが設定されていない場合、デフォルト値が使用されます。
オプションが「任意」とマークされている場合、ファイルはオプションが設定されている場合（またはその他の条件によりファイルが必要とされる場合）以外は使用されません。
オプションが設定されている場合で、ファイル名が指定されていない場合は、デフォルト値が使用されます。
これらのオプションは、ファイル拡張子のないファイル名を受け付けます。 その場合、拡張子は自動的に追加されます。 複数の入力形式（例えば、汎用構造形式）がサポートされている場合、指定された名前またはデフォルトの名前で、ディレクトリ内の各形式のファイルが検索されます。 認識された拡張子を持つファイルが見つからない場合は、エラーが表示されます。 複数の形式で出力ファイルを作成する場合、デフォルトのファイル形式が使用されます。
一部のファイル形式は、圧縮された形式（
。Z`または:file:。gz`）からも読み取ることができます。- 列挙可能なオプション
列挙されたオプション (enum) は、オプションの説明に記載されている引数のいずれかを使用する必要があります。引数は省略可能であり、リスト内の最も短い引数に最初に一致するものを使用されます。
- ベクトルオプション
一部のオプションは、値のベクトルを受け取ります。 1 つまたは 3 つのパラメータを指定できます。 1 つのパラメータのみを指定した場合、残りの 2 つの値もこの値に設定されます。
- 選択オプション
詳細については、構文と使用方法 を参照してください。
コマンド一覧¶
gmx - 分子動力学シミュレーションスイート
gmx anaeig - 固有値/固有モードの解析
gmx analyze - データセットの分析
gmx angle - 角度とダイヘドラの分布と相関係数を計算
gmx awh - 加速された重力ヒストグラム (AWH) 実行からのデータ抽出
gmx bar - ベネンの受け入れ比率を用いて、自由エネルギー差の推定を計算します
gmx バンドル - 軸のバンドルを分析する（例：ヘリックス）
gmx check - ファイルの確認と比較
gmx chi - chi およびその他の dihedral に関する、知りたい情報をすべて計算します
gmx cluster - クラスタ構造
gmx clustsize - 分子のクラスタのサイズ分布を計算する
gmx confrms - 2つの構造を適合させ、RMSDを計算します
gmx convert-tpr - 変更されたラン入力ファイルを作成する
gmx convert-trj - さまざまな軌道形式間の変換
gmx covar - 共分散行列を計算し、対角化する
gmx current - 誘電定数と電流自己相関関数の計算
gmx density - システムの密度を計算する
gmx densmap - 2次元平面または軸方向・放射状密度マップを計算
gmx densorder - 表面の変動を計算
gmx 誘電定数 - 周波数依存の誘電定数を計算
gmx dipoles - 結合モーメントと変動を計算
gmx disre - 距離制約の分析
gmx distance - 2つの位置間の距離を計算
gmx dos - 状態密度とそれに基づいて得られる特性を分析する
gmx dssp - DSSPアルゴリズムを使用してタンパク質の二次構造を計算
gmx dump - 二進数ファイルを目読み形式に変換
gmx dyecoupl - Trajectoryから染料のダイナミクスを抽出
gmx editconf - 構造ファイルの内容を変換および操作する
gmx eneconv - エネルギーファイルへの変換
gmx enemat - エネルギーファイルからエネルギー行列を抽出
gmx energy - エネルギー値をxvgファイルに書き出し、平均値を表示
gmx extract-cluster - クラスタに対応するフレームを軌跡から抽出することを可能にします
gmx filter - 軌跡の周波数フィルタリング、滑らかな動画を作成するのに役立ちます
gmx freevolume - 自由体積を計算
gmx gangle - 角度を計算
gmx genconf - ランダムな方向で、特定の構造を複製する
gmx genion - エネルギー的に有利な位置に単原子イオンを生成
gmx genrestr - インデックスグループに対して、位置制約または距離制約を生成します
gmx grompp - 実行入力ファイルを作成する
gmx gyrate - 分子の回転半径を計算する
gmx gyrate-legacy - 回転半径を計算
gmx h2order - 水分子の向きを計算する
gmx hbond - 水素結合を計算および解析します。
gmx hbond-legacy - 水素結合の計算と解析
gmx helix - αヘリックスの基本的なプロパティを計算
gmx helixorient - ヘリックス内の局所的なピッチ/ねじれ/回転/方向を計算
gmx ヘルプ - ヘルプ情報を表示
gmx hydorder - 特定の原子の周囲の四面体性を計算
gmx insert-molecules - 既存の空き分子に分子を挿入
gmx lie - 線形結合からの自由エネルギーの推定
gmx make_edi - 必須のダイナミクスサンプリング用の入力ファイルを作成
gmx make_ndx - インデックスファイルの作成
gmx mdmat - 残基接触マップの計算
gmx mdrun - シミュレーションを実行したり、通常のモード解析やエネルギー最小化を実行したりする
gmx mindist - 2つのグループ間の最小距離を計算
gmx mk_angndx - 'gmx angle' 用のインデックスファイルを作成
gmx msd - 平均二乗移動距離を計算
gmx nmeig - ヘッセ行列を対角化して、振動モード解析を行う
gmx nmens - 通常モードから構造の集合を生成する
gmx nmr - エネルギーファイルから核磁気共鳴プロパティを分析
gmx nmtraj - 主成分ベクトルの使用による仮想的な振動軌道を生成
gmx nonbonded-benchmark - 非相互作用ペアカーネルのベンチマークツール。
gmx order - 炭素鎖ごとのオーダーパラメータを計算
gmx pairdist - グループ内の位置間のペアごとの距離を計算
gmx pdb2gmx - 座標ファイルとFF互換の座標ファイルへの変換
gmx pme_error - 指定された入力ファイルを使用してPMEを使用することによるエラーを推定します
gmx polystat - ポリマーの静的特性を計算
gmx potential - ボックス内の静電ポテンシャルを計算
gmx principal - 複数の原子の慣性主軸を計算
gmx rama - Ramachandran プロットの計算
gmx rdf - 径分布関数の計算
gmx report-methods - シミュレーションの設定に関する短い概要をテキストファイルおよび/または標準出力に出力します。
gmx rms - 基準構造とRMSD行列を使用してRMSDを計算
gmx rmsdist - 2、-3、または -6 のパワーで平均化された原子ペア間の距離を計算
gmx rmsf - 分子の変動を計算
gmx rotacf - 分子の回転相関関数を計算します
gmx rotmat - 参照構造への適合のための回転行列をプロットする
gmx saltbr - 塩結合を計算
gmx sans-legacy - 小角度中性子散乱スペクトルを計算
gmx sasa - 溶媒アクセス可能な表面積を計算
gmx saxs-legacy - 小角度X線散乱スペクトルを計算
gmx scattering - SANS または SAXS のための、小さな角度散乱プロファイルを計算します
gmx select - 選択に関する一般的な情報を出力
gmx sham - ヒストグラムから自由エネルギーやその他のヒストグラムを計算する
gmx sigeps - シグマ/シグマ-エプシロンの組み合わせ（c6/12 または c6/cn）を変換する
gmx solvate - システムを溶媒化する
gmx sorient - 溶媒の周囲における溶質の方向解析
gmx spatial - 空間分布関数を計算
gmx spol - 溶媒の偶極方向と、溶媒周辺の極化を解析
gmx tcaf - 液体粘度の計算
gmx traj - 軌跡から x、v、f、箱、温度および回転エネルギーをプロットする
gmx 軌跡 - 選択した要素の座標、速度、および/または力を出力
gmx trjcat - 軌跡ファイル結合
gmx trjconv - 軌道ファイルの変換と操作
gmx trjorder - 分子を、特定のグループからの距離に基づいて順序付ける
gmx tune_pme - PME のランクに基づいて時間を調整し、設定を最適化する
gmx vanhove - Van Hove のずれと相関関数を計算
gmx velacc - 速度自己相関関数の計算
gmx wham - 傘サンプリング後に重み付きヒストグラム分析を実行する
gmx wheel - ねじ巻きの車輪のプロット
gmx x2top - 座標から基本的な構造を生成する
gmx xpm2ps - XPM (XPixelMap) マトリックスを PostScript または XPM に変換します
コマンド一覧¶
軌跡解析¶
- gmx gangle
角度を計算する
- gmx convert-trj
異なる軌跡タイプ間の変換
- gmx 距離
位置間の距離を計算する
- gmx dssp
DSSPアルゴリズムを使用してタンパク質の二次構造を計算する
- gmx extract-cluster
クラスタに対応するフレームを軌跡から抽出することを可能にする
- gmx freevolume
空き体積を計算する
- gmx hbond
水素結合を計算し、分析する。
- gmx msd
二乗平均散布を計算する
- gmx pairdist
位置のグループ間のペアごとの距離を計算する
- gmx rdf
円分布関数を計算する
- gmx sasa
溶媒に露出している表面積を計算する
- gmx scattering
SANSまたはSAXSの目的で、小さな角度散乱プロファイルの計算
- gmx select
選択に関する一般的な情報を表示する
- gmx 軌跡
座標、速度、および/または力を選択した要素に対して出力する
- gmx gyrate
分子の曲げモーメントの半径を計算する
トポロジーと座標の生成¶
- gmx editconf
ボックスを編集し、サブグループを入力する
- gmx x2top
座標から基本的なトポロジーを生成する
- gmx solvate
システムを解く
- gmx insert-molecules
既存の空き分子に分子を挿入する
- gmx genconf
'random'方向のランダムな配置で、ある配置を掛け合わせる
- gmx genion
エネルギー的に有利な位置に単原子イオンを生成する
- gmx genrestr
インデックスグループに対して、位置制約または距離制約を生成する
- gmx pdb2gmx
座標ファイルとFF互換の座標ファイルへの変換
シミュレーションの実行¶
- gmx grompp
入力ファイルの作成
- gmx mdrun
シミュレーションを実行したり、通常のモードでの解析やエネルギー最小化を実行する
- gmx convert-tpr
修正された run-input ファイルを作成する
軌跡の表示¶
- gmx nmtraj
主成分ベクトルの使用による仮想的な振動軌跡の生成
エネルギーの処理¶
- gmx enemat
エネルギーファイルからエネルギー行列を抽出する
- gmx energy
xvgファイルにエネルギー値を書き込み、平均値を表示します。
- gmx mdrun
(再)計算: -rerun オプションを使用して、軌跡フレームのエネルギーを再計算します。
ファイル変換¶
- gmx editconf
構造ファイルへの変換と操作
- gmx eneconv
エネルギーファイルを変換する
- gmx sigeps
c6/12 または c6/cn の組み合わせを、シグマ/エプシロン 形式に変換する
- gmx trjcat
Concatenate trajectory files
- gmx trjconv
軌跡ファイルの変換と操作
- gmx xpm2ps
XPM (XPixelMap) マトリックスをPostScriptまたはXPM形式に変換する
ツール¶
- gmx analyze
データセットを分析する
- gmx awh
AWH（加速された重みヒストグラム）からのデータ抽出
- gmxフィルター
頻度フィルターの軌跡を使用すると、滑らかな動画を作成できます。
- gmx lie
線形結合から自由エネルギーを推定する
- gmx pme_error
与えられた入力ファイルを使用してPMEを使用した場合の誤差を推定する
- gmx sham
ヒストグラムから自由エネルギーやその他のヒストグラムを計算する
- gmx spatial
空間分布関数を計算する
- gmx トレイ
軌跡からx、v、f、箱、温度、および回転エネルギーをプロットする
- gmx tune_pme
時間 mdrun を PME のランクに基づいて実行し、設定を最適化する
- gmx wham
傘サンプリング後に重み付きヒストグラム分析を実行する
- gmx check
ファイルの確認と比較
- gmx dump
二進数ファイルが人間が読めるようにする
- gmx make_ndx
インデックスファイルを作成する
- gmx mk_angndx
'gmx angle' 用のインデックスファイルを作成する
- gmx trjorder
分子を、特定のグループからの距離に基づいて並べ替え
- gmx xpm2ps
XPM (XPixelMap) マトリックスをPostScriptまたはXPM形式に変換する
- gmx レポート方法
シミュレーションの設定に関する短い概要をテキストファイルと/または標準出力に出力します。
構造間の距離¶
- gmx クラスタ
クラスタ構造
- gmx confrms
2つの構造を比較し、RMSD（平均二乗偏差）を計算します。
- gmx rms
基準構造とRMSD行列を使用してRMSDを計算する
- gmx rmsf
原子レベルでの変動を計算する
構造内の距離の時間経過¶
- gmx mindist
2つのグループ間の最小距離を計算する
- gmx mdmat
残差接触マップを計算する
- gmx polystat
ポリマーの静的特性を計算する
- gmx rmsdist
パワー -2、-3、または -6 を用いて、原子間の距離を平均化する
時間経過に伴う大量配布の特性¶
- gmx gyrate-legacy
ヤニの曲げモーメントを計算する
- gmx polystat
ポリマーの静的特性を計算する
- gmx rdf
円分布関数を計算する
- gmx rotacf
分子の回転相関関数を計算する
- gmx rotmat
回転行列を、参照構造に適合させるためにプロットする
- gmx sans-legacy
微小な角度のニュートロン散乱スペクトルを計算する
- gmx saxs-legacy
小さな角度におけるX線回折スペクトルの計算
- gmx トレイ
軌跡からx、v、f、箱、温度、および回転エネルギーをプロットする
- gmx vanhove
ホーフのずれと相関関数を計算する
結合相互作用の解析¶
- gmx 角度
角度とダイヘドラに対する分布と相関係数を計算する
- gmx mk_angndx
'gmx angle' 用のインデックスファイルを作成する
構造的特性¶
- gmx バンドル
軸のグループを分析する（例：らせん）
- gmx clustsize
原子クラスタのサイズ分布を計算する
- gmx disre
距離制約を分析する
- gmx hbond-legacy
水素結合を計算し、分析する
- gmx の注文
各炭素鎖に対して、オードパラメータを計算する
- gmx の主要機能
原子群の慣性モーメントの主軸を計算する
- gmx rdf
円分布関数を計算する
- gmx saltbr
塩橋を計算する
- gmx sorient
溶解溶媒の溶解物質に対する方向性を分析する
- gmx spol
溶解溶媒の極性方向と、その極性に関する溶解物質の周りの極性を分析する
運動特性¶
- gmx バー
ベネットの受理比を用いて、自由エネルギー差の推定値を計算する
- gmx 現在
誘電定数と電流の自己相関関数を計算する
- gmx dos
状態密度とそれに基づいて得られた特性を分析する
- gmx dyecoupl
軌跡から染料のダイナミクスを抽出する
- gmx の主要機能
原子群の慣性モーメントの主軸を計算する
- gmx tcaf
液体の粘度を計算する
- gmx トレイ
軌跡からx、v、f、箱、温度、および回転エネルギーをプロットする
- gmx vanhove
ホーフのずれと相関関数を計算する
- gmx velacc
速度自己相関関数の計算
静電特性¶
- gmx 現在
誘電定数と電流の自己相関関数を計算する
- gmx 誘電
周波数依存の誘電定数を計算する
- gmx 電子双極
全二極子と変動を計算する
- gmx のポテンシャル
箱内の静電ポテンシャルを計算する
- gmx spol
溶解溶媒の極性方向と、その極性に関する溶解物質の周りの極性を分析する
- gmx genion
エネルギー的に有利な位置に単原子イオンを生成する
タンパク質特異的な解析¶
- gmx chi
チとその他の二面角に関する、知りたい情報をすべて計算します
- gmx helix
αヘリックスの基本的な特性を計算する
- gmx helixorient
ヘリックス内部のローカルなピッチ/曲がり/回転/方向を計算する
- gmx rama
ラマチャンドランプロットを計算する
- gmx ホイール
らせん状の車輪を描画する
インターフェース¶
- gmx バンドル
軸のグループを分析する（例：らせん）
- gmx density
システムの密度を計算する
- gmx densmap
2次元平面または軸方向・径方向の密度マップを計算する
- gmx densorder
表面の変動を計算する
- gmx h2order
水分子の向きを計算する
- gmx hydorder
指定された原子の周囲の四面体性を計算する
- gmx の注文
各炭素鎖に対して、オードパラメータを計算する
- gmx のポテンシャル
箱内の静電ポテンシャルを計算する
共分散分析¶
- gmx anaeig
固有ベクトルの分析
- gmx covar
共分散行列を計算し、対角化する
- gmx make_edi
必須のダイナミクスサンプリングのための入力ファイルを作成する
通常のモード¶
- gmx anaeig
正常モードを分析する
- gmx nmeig
ヘッセ行列を対角化して、固有モード解析を行う
- gmx nmtraj
主成分ベクトルの使用による仮想的な振動軌跡の生成
- gmx nmens
正常モードから構造のアンサンブルを生成する
- gmx grompp
入力ファイルの作成
- gmx mdrun
潜在的なエネルギーの最小値を特定し、ヘッセ行列を計算する
特別なトピック¶
これらのトピックに関する情報は、コマンドラインで gmx help topic を使用することで、またアクセスすることも可能です。
コマンドはバージョン間で変更されることがあります¶
Gromacs 5.0 以降、一部の分析コマンド（およびいくつかの他のコマンドも）は大幅に変更されています。
主な要因として、以下に示す多くの新しいツールが、静的なインデックスグループのプロンプトではなく、コマンドラインオプションを通じて選択を受け入れるようになったことです。 選択機能を最大限に活用するため、コマンドへのインターフェースは一部変更されており、適切な選択によって以前のコマンドラインオプションと同等の効果を得ることができます。 選択の使用方法に関する詳細については、構文と使用方法 を参照してください。
この過程で、より強力な機能を利用できる代替ツールを通じて、一部の古い分析コマンドが削除され、別のコマンドに置き換えられました。削除または置き換えられたコマンドについては、このページで、新しいツールを使用して同じタスクを実行する方法を説明しています。新しいコマンドについては、利用可能な機能に関する簡単な説明が記載されています。新しいコマンドの詳細については、関連するヘルプを参照してください。
このセクションには、主要な変更のみが記載されています。追加/削除されたオプションやバグ修正などの軽微な変更は通常、記載されていません。
変更された機能に関する詳細については、リリースノート をご確認ください。
バージョン 2020¶
gmx convert-trj¶
新規
gmx convert-trj は、以前は gmx trjconv で行われていた軌道ファイル形式の交換のための、選択可能な代替手段として導入されました。
gmx extract-cluster¶
新規
gmx extract-cluster は、クラスタ分析の結果に基づいてサブ軌跡を書き出すための、選択を可能にする方法として導入されました。対応するオプション -sub は、gmx trjconv から削除されました。
バージョン 2018¶
gmx 軌跡¶
新規
gmx トレジャー は、gmx traj の選択に対応したバージョンとして導入されました。これは、選択された位置の座標、速度、および/または力を出力できます。
バージョン 2016¶
任意の原子のサブセットに対する分析¶
新しい分析フレームワークで実装されたツールは、入力構造ファイル内の原子のサブセットにのみ対応する軌跡に対して操作できるようになりました。
gmx insert-molecules¶
改善されました
gmx insert-molecules には、溶媒原子を置き換えることができるオプション -replace が追加されました。これにより、溶媒で構成された設定に分子を挿入できるようになります。完全に溶媒で構成されたボックス内では、溶媒原子のサブセットを選択することで、特定の溶媒領域にのみ分子を挿入することも可能です（-replace は、not within 1 of ... などの式を含む選択も受け入れます）。
gmx rdf¶
改善されました
出力されるRDFの正規化は、現在、半径方向の数値密度にも設定できます。
gmx genconf¶
簡略化
-block, -sort および -shuffle オプションを削除しました。
バージョン 5.1¶
一般的な¶
5.0 以降のバージョンでは、シンボリックリンクはサポートされなくなりました。 コマンドを実行する方法は、gmx {<command>} のみです。
gmx pairdist¶
新規
gmx pairdist は、gmx mindist の選択可能な代替として導入されました（gmx mindist は変更なしで引き続き使用できます）。これは、選択されたペア間の最小/最大ペアごとの距離を計算できます。たとえば、残基ごとの最小距離や、単一点から残基の中心質量までの距離を計算できます。
gmx rdf¶
書き換えられました
gmx rdf は 5.1 で、RDF の計算に使用するポイントを指定するために選択を使用するように書き換えられました。インターフェースはほとんど同じですが、選択を指定するための新しいコマンドラインオプションが追加されています。次の追加の変更が加えられました:
-comおよび-rdfオプションは削除されました。これらの機能は、選択肢を通じて利用できます。-comは、参照となる選択肢として、:samp:``com of {<selection>}と置き換えることができます。-rdfは、適切な選択セット（例：:samp:`res_com of {<selection>}”）や/または `-seltype`` を使用して置き換えることができます。
`-rmax`オプションが追加され、RDFのカットオフ値を指定できるようになりました。もし、この値をボックスサイズの半分よりも大幅に小さい値に設定すると、グリッドベースの近傍探索を使用した場合に、計算を大幅に高速化できます。
オプション
-hqと-fadeは削除されました。これらは、分析後に簡単に実行できる、生の数値に対する単純な後処理ステップであるためです。
バージョン 5.0¶
一般的な¶
バージョン 5.0 では、:command: gmx ユーティリティが導入されました。 互換性を維持するため、このバージョンでは、従来のツールに対してデフォルトでシンボリックリンクが作成されます。 たとえば、g_order は gmx order と同じであり、g_order はファイルシステム上の単なるシンボリックリンクです。
g_bond¶
置き換えられました
このツールは 5.0 で削除されました。代替として：ref:gmx distance があります。
既存のインデックスファイルを gmx distance に提供すると、同じ距離を計算できます。その違いは次のとおりです。
オプション
-blenと-tolは異なるデフォルト値を持ちます。出力ヒストグラムを「-binw」オプションで制御できます。
オプション
-averおよび-averdistは使用できません。代わりに、以下のいずれかのオプションを選択できます
任意の出力ファイルの組み合わせを作成できます。 g_bond と比較して、 gmx distance -oall は、現在のところ出力列のラベルがありません。
g_dist¶
置き換えられました
このツールは 5.0 で削除されました。 代替として：ref:gmx distance (ほとんどのオプションの場合) または：ref:gmx セレクト (-dist または -lt の場合) があります。
もし、index.ndx ファイルで g_dist のためのインデックスグループ A と B が定義されている場合、以下のコマンドを使用して、同じ距離を gmx distance で計算できます。
gmx distance -n index.ndx -select 'com of group "A" plus com of group "B"' -oxyz -oall
-intra オプションは -nopbc オプションに置き換えられました。
もし、-dist D オプションを使用した場合、gmx セレクト コマンドを使用して同様の計算を行うことができます。
gmx select -n index.ndx -select 'group "B" and within D of com of group "A"' -on/-oi/-os/-olt
お客様の要件に最適な出力オプションを選択できます（``-olt``は``g_dist -dist -lt``の代替です）。
gmx distance¶
新規
gmx distance は、固定された原子ペア（またはグループの質心）間の距離を計算するさまざまなツールに代わる、選択可能な機能として導入されました。これは、g_bond と g_dist の機能を組み合わせたもので、原子間のペアまたはグループの質心間の距離を 1 つまたは複数回計算でき、これらのツールにあったさまざまな出力オプションを統合しています。
gmx gangle¶
新規
gmx gangle は、g_sgangle の選択可能な代替として導入されました。このコマンドは、原子間のベクトルだけでなく、質心もベクトルの終点として使用でき、さらにいくつかの追加の角度の種類を計算できます。また、3つの原子および/または質心間の基本的な角度（法線角度）の計算もサポートしており、これにより gmx angle の部分的な代替としても使用できます。
gmx protonate¶
置き換えられました
これは、元々 united atom force fields 用に作成された非常に古いツールであり、軌跡を解析した後、例えば距離制約違反を計算するために、すべての水素を生成する必要がありました。単純に構造をプロトン化する機能は、gmx pdb2gmx で利用できます。もし、新しいトポロジー形式への移行後に、この機能を再導入する可能性がある場合は、お知らせいたします。
gmx freevolume¶
新規
このツールは5.0で導入されました。箱内の自由空間の割合を計算するために、モンテカルロ法によるサンプリング方法を使用します（指定されたサイズのプローブを使用）。
g_sas¶
書き換えられました
このツールは5.0で書き換えられ、名前が「gmx sasa」に変更されました（基本的な表面積計算アルゴリズムは同じです）。
新しいツールにおける主な違いは、選択機能のサポートです。インデックスグループを指定する代わりに、「-surface」オプションを使用して、計算対象の選択（動的に変更される可能性もあります）を指定できます。「-output」オプションを使用して、任意の数の出力グループを指定できるため、1回の実行で表面積の複数の部分を計算できます。「-surface」グループ全体の面積は、常に計算されます。
このツールは、表面を疎水性と親水性の領域に自動的に分割する機能がなくなりました。また、「-f_index」オプションも使用できなくなりました。適切な設定を「-output」で定義することで、同様の効果を得ることができます。計算グループ「A」と出力グループ「B」で、同じ数値を含む出力を取得したい場合は、以下の方法を使用できます。
gmx sasa -surface 'group "A"' -output '"Hydrophobic" group "A" and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group "B" and not charge {-0.2 to 0.2}; "Total" group "B"'
溶媒化自由エネルギーの推定は、`-odg`オプションで個別に要求された場合にのみ計算され、別のファイルに書き込まれます。
出力オプション -i (位置制約ファイル用) は、新しいツールでは現在実装されていませんが、必要に応じて簡単に追加できます。
g_sgangle¶
置き換えられました
このツールは 5.0 で削除されました。代替として、次のものが利用可能です：:ref:`gmx gangle`（角度計算用）および :ref:`gmx distance`（-od、-od1、-od2 オプション用）。
もし、index.ndx に g_sgangle のインデックスグループ A と B がある場合、以下のコマンドを使用して同じ角度を gmx gangle で計算できます。
gmx gangle -n index.ndx -g1 vector/plane -group1 'group "A"' -g2 vector/plane -group2 'group "B"' -oav
-g1 と -g2 オプションには、インデックスグループが指定しているものに応じて、「vector」または「plane」のいずれかを選択する必要があります。
もし index.ndx に A という名前のインデックスグループだけが存在し、g_sgangle に "-z" または "-one" を指定した場合、以下のを使用できます:
gmx gangle -n index.ndx -g1 vector/plane -group1 'group "A"' -g2 z/t0 -oav
距離については、gmx distance を使用して、必要な距離を1つまたは複数計算できます。 新しいセレクション構文を使用することで、グループまたは個々の原子の中心間の距離の両方がサポートされています。
genbox¶
このツールは、gmx solvate と gmx insert-molecules に分割されました。
tpbconv¶
このツールは、gmx convert-tpr という名前でリネームされました。