gmx helix

概要

gmx helix [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
          [-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b <time>] [-e <time>]
          [-dt <time>] [-[no]w] [-r0 <int>] [-[no]q] [-[no]F]
          [-[no]db] [-[no]ev] [-ahxstart <int>] [-ahxend <int>]

説明

gmx helix は、さまざまなヘリックスの特性を計算します。まず、ペプチドが水素結合とφ/ψ角に基づいて最も長いヘリックス部分を特定します。この部分を理想的なヘリックスとして*z*-軸を中心に、原点に中心を置いてフィットさせます。その後、以下の特性が計算されます:

  • ヘリックス半径（ファイル radius.xvg）。これは、すべてのCアルファ原子に対する2次元における二乗平均平方根（RMS）偏差です。計算式は、sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) であり、Nはバックボーン原子の数です。理想的なヘリックスの場合、半径は0.23 nmです。

  • らせん (ファイル twist.xvg)。1つの残基あたりの平均らせん角度が計算されます。アルファヘリックスの場合は100度、3〜10のらせんの場合は小さくなり、5のらせんの場合は大きくなります。

  • ピクセルごとの高さ（ファイル rise.xvg）。ピクセルごとのヘリカル高さは、Cアルファ原子間の*z*座標の差としてプロットされます。理想的なヘリックスの場合、これは0.15 nmです。

  • 全長（ファイル len-ahx.xvg）。ヘリックスの全長（単位：nm）。これは、平均的な上昇（上記を参照）に、ヘリカル残基の数（下記を参照）をかけたものです。

  • ヘリックスの偶極、バックボーンのみ（ファイル dip-ahx.xvg）。

  • 理想的ならせんからのRMS偏差（Cα原子のみを対象として計算）。（ファイル rms-ahx.xvg）

  • 平均 Cα - Cα 二面角（ファイル phi-ahx.xvg）。

  • 平均の φ および ψ の角度（ファイル phipsi.xvg）。

  • 222 nm での歪度（ヒーストとブルックスによる）。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)

ポータブル XDR 実行入力ファイル

-n [<.ndx>] (index.ndx)

インデックスファイル

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

出力ファイルの指定オプション:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)

構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e <時間> (0)

読み込むトレースの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。

-[no]w (no)

表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-r0 <int> (1)

配列内の最初の残基番号

-[no]q (無)

各ステップで、配列のどの部分がらせん構造になっているかを確認する

-[no]F (はい)

完璧ならせんに合わせる

-[no]db (無)

デバッグ情報を出力する

-[no]ev (無)

ED用の新しい「軌跡」ファイルを作成する

-ahxstart <int> (0)

最初の残基

-ahxend <整数> (0)

最後のらせんの残基