gmx make_ndx

概要

gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
             [-natoms <int>] [-[no]twin]

説明

インデックスグループは、GROMACSのほとんどのプログラムで必要です。これらのプログラムはすべて、デフォルトのインデックスグループを生成できます。特別なインデックスグループが必要な場合にのみ、``gmx make_ndx``を使用してください。デフォルトでは、システム全体、タンパク質用9つのインデックスグループ、およびその他の残りの残りのアトーム名に対してデフォルトのインデックスグループが生成されます。

インデックスファイルが指定されていない場合、`gmx make_ndx`もデフォルトのグループを生成します。インデックスエディタを使用すると、原子、残基、および鎖の名前と番号を選択できます。実行入力ファイルが指定されている場合、原子タイプも選択できます。論理演算を使用し、グループを鎖、残基、または原子に分割できます。グループを削除および名前を変更できます。エディタで「h」を入力すると、詳細を確認できます。

エディタとインデックスファイルにおける原子番号は、1から始まります。

-twin オプションは、すべてのインデックスグループを -natoms のオフセットで複製します。これは、計算電生理の二重層膜設定で役立ちます。

関連する情報：gmx select -on も参照してください。これは、インデックスグループを構築するための代替方法を提供します。この機能は、gmx make_ndx のほとんどの機能をカバーし、多くの場合、それよりもさらに多くの機能を提供します。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (オプション)

構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.ndx>] (index.ndx)

インデックスファイル

Other options:

-natoms <整数> (0)

アトモ数を設定（デフォルト：座標ファイルまたはインデックスファイルから読み込む）

-[no]twin (無)

すべてのインデックスグループを -natoms オフセットで複製する