gmx clustsize¶
概要¶
gmx clustsize [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xpm>]] [-ow [<.xpm>]] [-nc [<.xvg>]]
[-mc [<.xvg>]] [-ac [<.xvg>]] [-hc [<.xvg>]]
[-temp [<.xvg>]] [-mcn [<.ndx>]] [-b <time>] [-e <time>]
[-dt <time>] [-tu <enum>] [-[no]w] [-xvg <enum>]
[-cut <real>] [-[no]mol] [-[no]pbc] [-nskip <int>]
[-nlevels <int>] [-ndf <int>] [-rgblo <vector>]
[-rgbhi <vector>]
説明¶
gmx clustsize は、気相中の分子/原子クラスタのサイズ分布を計算します。出力は、.xpm ファイルの形式で提供されます。クラスタの総数は、.xvg ファイルに書き込まれます。
-mol オプションを指定した場合、クラスタは分子で構成され、これにより大きな分子のクラスタリングが可能になります。この場合、インデックスファイルには原子番号が含まれている必要があります。そうでない場合、プログラムはSEGVでクラッシュします。
速度が軌跡に存在する場合、最大のクラスタの温度は、粒子が自由に移動できると仮定して、別の .xvg <xvg>`ファイルに表示されます。 制約を使用している場合は、温度を修正してください。例えば、SHAKEまたはSETTLEでシミュレーションされた水は、1.5倍低い温度を示します。このずれを補正するには、-ndf`オプションを使用してください。質心の動きの除去を考慮することを忘れないでください。
オプション -mc を使用すると、最大のクラスタの原子番号を含むインデックスファイルが生成されます。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr>] (topol.tpr) (オプション)ポータブル XDR 入力ファイル
-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-o[<.xpm>] (csize.xpm)X PixMap互換のマトリックスファイル
-ow[<.xpm>] (csizew.xpm)X PixMap互換のマトリックスファイル
-nc[<.xvg>] (nclust.xvg)ファイル名: xvgr/xmgr
-mc[<.xvg>] (maxclust.xvg)ファイル名: xvgr/xmgr
-ac[<.xvg>] (avclust.xvg)ファイル名: xvgr/xmgr
-hc[<.xvg>] (histo-clust.xvg)ファイル名: xvgr/xmgr
-temp[<.xvg>] (temp.xvg) (オプション)ファイル名: xvgr/xmgr
-mcn[<.ndx>] (maxclust.ndx) (オプション)インデックスファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e<時間> (0)最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）の場合のみ使用してください。
-tu<enum> (ps)時間値の単位: fs, ps, ns, us, ms, s
-[no]w(無)-xvg<enum> (xmgrace)xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-cut<実数値> (0.35)クラスタリングにおいて考慮される最大の距離（nm）
-[no]mol(無)分子をクラスタ化するのではなく、原子をクラスタ化します（
:ref:.tpr <tpr>` ファイルが必要です）。-[no]pbc(有効)周期境界条件を使用する
-nskip<整数> (0)フレーム数を書き出す間隔でスキップする数
-nlevels<int> (20).xpm 出力におけるグレースケールのレベル数
-ndf<int> (-1)温度計算における、システムの自由度の数を指定します。指定しない場合は、原子の数に3を掛けた値が使用されます。
-rgblo<ベクトル> (1 1 0)RGB値は、最も低い占有サイズのクラスタの色
-rgbhi<ベクトル> (0 0 1)RGB値は、最も占有されているクラスタのサイズに対応する色