gmx vanhove¶
概要¶
gmx vanhove [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-om [<.xpm>]] [-or [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-b <time>]
[-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>]
[-sqrt <real>] [-fm <int>] [-rmax <real>] [-rbin <real>]
[-mmax <real>] [-nlevels <int>] [-nr <int>] [-fr <int>]
[-rt <real>] [-ft <int>]
説明¶
gmx vanhove は、ハーンの相関関数を計算します。ハーンの関数 G(r,t) は、時間 t において r_0 にある粒子が、時間ゼロにおいて r_0+r に存在する確率です。gmx vanhove は、ベクトル r ではなく、その長さ r に対して G を決定します。したがって、これは、粒子が時間 t に r の距離を移動する確率を示します。周期境界を越えるジャンプは削除されます。異方性または異方性圧のカップリングによるスケールに関連する補正が適用されます。
オプション -om を使用すると、行列全体を t と r の関数、または sqrt(t) と r の関数として書き出すことができます（オプション -sqrt）。
オプション -or を使用すると、Van Hove 関数が t の 1 つ以上の値に対してプロットされます。オプション -nr は、時間間隔の回数を設定し、オプション -fr は時間間隔の間の間隔を設定します。ビンの幅はオプション -rbin で設定します。ビンの数は自動的に決定されます。
オプション -ot を使用すると、ある距離（オプション -rt で指定）までの積分を時間関数としてプロットします。
すべてのフレームが読み込まれると、選択された粒子の座標がメモリに保存されます。したがって、プログラムは大量のメモリを使用する可能性があります。オプション -om と -ot を使用する場合、プログラムの動作が遅くなることがあります。これは、計算がフレーム数と -fm または -ft の積に比例するためです。ただし、オプション -dt を使用すると、メモリ使用量と計算時間を削減できます。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-om[<.xpm>] (vanhove.xpm) (オプション)X PixMap互換のマトリックスファイル
-または-[<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-ot[<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e<時間> (0)最後に読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w(no)-xvg<enum> (xmgrace)形式: xmgrace, xmgr, なし
-sqrt<実数> (0)sqrt(t)を行列の軸に適用し、sqrt(ps)のビン間隔を考慮する。-fm<整数> (0)行列内のフレーム数。0 はすべてのフレームを表示します。
-rmax<実数> (2)行列における最大 r (単位)
-rbin<real> (0.01)行列における「Binwidth」と「-or」の指定（nm）
-mmax<実数> (0)行列内の最大密度、0 は計算されます (1/nm)
-nlevels<整数> (81)マトリックスのレベル数
-nr<int> (1)-or出力におけるカーブの数-fr<int> (0)フレーム間隔の指定（
-or出力用）-rt<実数> (0)-ot出力 (nm) の統合上限-ft<int> (0)-ot出力時のフレーム数。0 の場合、すべてのフレームを表示します。