雑多¶
grompp はもう nstcomm を変更しません¶
gromppは、nstcomm（質量中心の動き除去のインターバル）を、nstcalcenergy（エネルギー計算のインターバル）に設定しない場合、nstcomm < nstcalcenergy の場合に、nstcomm の値を設定しなくなります。それでも、その旨のメッセージは表示されます。
「結合原子の種類の名前は、現在、数字で始めることができます」¶
トポロジー内の結合原子の種類名は、数字で始ることはできませんでした。現在は、少なくとも1つの数字以外の文字を含むすべての名前がサポートされています。
gromppは、除外ルールが正しく設定されていない場合に警告を表示するようになりました。¶
PMEを使用する場合、非変動、原子ペア間の除外距離はカットオフ距離内に収まる必要があります。そうでない場合、mdrunはグリッド修正の力をおよびエネルギーを計算できない可能性があります。 gromppは、開始構造に対してこれらの距離を計算し、カットオフ距離の90%を超えている場合に警告を表示し、カットオフ距離を超えている場合にエラーを生成します。
AWHカバーの角度に対する直径は、現在度で表示されます。¶
古い tpr ファイルを使用し、AWH を角度や二面体に適用し、非ゼロのカバー直径を持つ場合、エラーが発生し、「 tpr ファイルの再生成を提案」というメッセージが表示されます。
コアの起動コードが削除されました¶
以前は、x86およびPowerPC以外のプラットフォームでは、`mdrun`がマルチスレッドコードを実行し、OSがシャットダウンした可能性のあるコアを再起動しようとしていました。これにより、一部のArmプラットフォームで問題が発生し、|Gromacs|の使用に適していないことが判明しました。そのため、現在は削除されています。
必要に応じて、例えば stress --cpu $(nproc --all) を使用して、コアを手動で起動してください。
線形角度ポテンシャルに関するドキュメントを追加¶
追加されたドキュメントとリファレンス：線形角度ポテンシャルに関するもの。また、please_cite エントリを追加したが、まだ参照するための呼び出しは含まれていません。
gmxapi.mdrun は軌道データの出力保証¶
gmxapi シミュレーションは、mdrun.output.trajectory の結果から利用可能な出力軌跡が確実に得られるように、常にフル精度で軌跡を出力するように設定されます（オプション -o）。
gmxapi.mdrun は、任意の実行時引数を受け付けます¶
任意の mdrun の引数は、新しい runtime_args キーワード引数を使用して gmxapi を通じて渡すことができます。これにより、フラグと値の辞書を受け入れることができます。
gmxapi PythonランナーにおけるMPIの認識とタスクの一意性の改善¶
以前は、gmxapi.simulation 内の Python コンポーネントのみが MPI コンテキストの存在に反応していました。これにより、重複した作業や、無効なファイルへのアクセスが発生する可能性があります。
gmxapi.commandline_operation() は、独自の作業ディレクトリでタスクを実行するように変更されました。
すべての gmxapi 操作において、タスクは1つのプロセス（各アンサンブルメンバーに対して）からのみ開始されます。 mpi4py が利用可能な場合、MPI環境が確認されます。 複数のランクが検出された場合、さまざまなランク上の ResourceManager インスタンスが連携し、update が各タスクのメンバーに対して1回だけ呼び出されるようにします。 結果は、作業が行われた ResourceManager からすべてのランクにブロードキャストされます。
これらの変更は、単にバグ修正に過ぎません。より効率的なリソースの使用と、不要なデータ転送の削減には、追加の開発が必要です。
さらに、ベレンセンカップリングアルゴリズムの使用を推奨しません。¶
これらのアルゴリズムは、それぞれの分布の不適切なサンプリングを引き起こすことが証明されており、主に古いシミュレーションとの互換性を維持するための手段として提供されています。そのため、現在、これらの使用に関する注記を、実際の警告として grompp の実行時に変更することで、さらに使用を抑制しています。