非推奨機能¶
2025年の|Gromacs|の機能に関する予想される変更¶
2025年の|Gromacs|で廃止された機能¶
MTTK の圧力連携機能は廃止されました¶
TNGの軌道形式は廃止されました¶
TNGファイル形式は、将来のリリースで削除されます。代わりに、より広く使用されているHDF5ベースのH5MD形式に置き換えられます。|Gromacs|の少なくとも1つのバージョンでは、H5MDとTNGの両方をサポートし、両形式間の変換を可能にします。
2024年の|Gromacs|で廃止された機能¶
分析ツール「gmx gyrate-legacy」が廃止されました。¶
gmx gyrate は、最新の GROMACS 分析フレームワークで部分的に再実装されました。 古い実装は gmx gyrate-legacy として引き続き利用可能です。 新しいバージョンへの移行を計画してください。 新しい実装に欠けている、または機能が壊れている機能について、GROMACS 開発者に通知してください。
分析ツール gmx hbond-legacy が廃止されました¶
gmx hbond は、最新の GROMACS 分析フレームワークで部分的に再実装されました。 古い実装は、gmx hbond-legacy として引き続き利用可能です。 新しいバージョンへの移行を計画してください。 新しい実装に欠けている、または機能が壊れている機能については、GROMACS 開発者に通知してください。
分析ツール「gmx sans」および「gmx saxs」が廃止されました。¶
gmx sans および gmx saxs は、最新の GROMACS 分析フレームワークにおいて、新しい名前 gmx scattering の下で部分的に再実装されました。 古い実装は、gmx sans-legacy および gmx saxs-legacy として引き続き利用可能です。 新しいバージョンへの移行を計画してください。 新しい実装に欠けている、または機能が壊れている機能について、GROMACS 開発者に通知してください。
Xeon Phi のサポートは削除されます¶
Intel Xeon Phi シリーズのアクセラレータは 2020 年に廃止され、それを使用しているほとんどのスーパーコンピュータは現在では使用されていません。GROMACS 2024 では、Xeon Phi へのサポートは非推奨となっています。
2022年の|Gromacs|で非推奨になった機能¶
GMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE CMake 変数が、GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE に置き換えられました。¶
OpenCL と SYCL は異なるクラスタサイズをサポートしているため、今後 GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE を使用してください。
アトム名の推定質量と原子半径の算出は非推奨¶
アトーム質量やヴァン・デル・ワールス半径が必要な場合は、ツールがサポートしている場合でも、GROMACS 形式の適切なトポロジーを作成することをお勧めします。
2021年の|Gromacs|で廃止された機能¶
mdrun -deffnm は廃止されます¶
この機能は、非常に単純なシミュレーションを実行する場合に便利です。なぜなら、ファイルセットをグループ化でき、そのファイルはサフィックスのみが異なるからです。ただし、これは mdrun モジュール（または複数のモジュール）が複数の .xvg 出力ファイルを生成する場合には機能しません。その結果、ファイル名が競合します。また、チェックポイント機能や追加機能との相互作用により、多くのバグ報告が発生しています。
ユーザーはフォルダを使用してファイルをグループ化できる（これは、GROMACS 以外の経験からユーザーが理解している標準的なメカニズムであるため）、mdrun -deffnm の以前の利便性を削除することで、より優れたソフトウェアを構築およびテストできます。そのため、ワークフローを適切に更新してください。
OpenCLはGPUフレームワークとして廃止されます。¶
Issue 3818 AMDおよびIntel GPU向けのポートの開発が進められており、これらのポートは現在の|Gromacs| OpenCLポートを基盤とする可能性は低いと考えられます。Nvidia GPUについてはCUDAポートが開発されており、この部分には変更は予定されていません。現在のリソースでは、コアチームが4つのポートを維持、テスト、拡張することは困難です。HPCでOpenCLサポートを必要とする新たなGPUベンダーが現れないことから、AMDおよびIntelのサポートが別の方法で確立された時点で、OpenCLポートは削除されます。
ハードウェア局所化ライブラリ hwloc のバージョン 1 のサポート¶
Issue 3818 バージョン 2 は、GROMACS で数年間サポートされています。 今後の GROMACS の開発において、最新のハードウェアおよびハードウェアサポート API の機能が最も重要であるため、テスト作業を最小限に抑え、クラスタが古い hwloc のインストールをアップグレードするように促すべきです。
旧API¶
Issue 3818 以前から、既存のヘッダーは非推奨となっており、しかし、GROMACS の src ディレクトリツリー内のすべてのヘッダーは、内部での使用のみを目的としており、予告なしに変更される可能性があることを明確にしたい。さらに、libgromacs ライブラリおよび関連する CMake ターゲットの形式と内容は、長期的に安定してサポートできる API とサポート機構を構築するために変更される可能性がある。
機能が|Gromacs| 2019で非推奨¶
標準的な残基中の芳香環を置き換えるための仮想サイトの生成¶
Issue 3254 これらの関数は、特定の条件下でアーティファクトを生成する可能性がある（未発表の結果）、十分にテストされておらず、広く使用されていないため、pdb2gmxを簡素化する必要があります。
ベンチマークオプションは、``gmx benchmark``のみで利用可能です。¶
Issue 3255 オプション（-confout、-resethway、-resetstep`など）は、通常の`mdrun`ユーザーが使用することを意図していないため、専用のツールでのみ利用できるようにすることで、より明確になります。また、これにより、シミュレーションパートのファイルの書き込みなど、`mdrun`およびベンチマークの特定のユースケースに合わせて、デフォルト設定をカスタマイズできるようになり、-confout`は不要になります。
gmx mdrun -nsteps¶
Issue 3256 .tprファイルで指定されたシミュレーションステップ数は、gmx convert-tpr``コマンドを使用するか、``gmx grompp``の呼び出し前に.mdp``ファイルで変更できます。このmdrunオプションの利便性は、その実装の信頼性の低さ、ログファイルへの明確な記録の欠如、およびメンテナンスの不足によって上回られました。