gmx editconf¶

概要¶

gmx editconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
             [-o [<.gro/.g96/...>]] [-mead [<.pqr>]] [-[no]w]
             [-[no]ndef] [-bt <enum>] [-box <vector>]
             [-angles <vector>] [-d <real>] [-[no]c]
             [-center <vector>] [-aligncenter <vector>]
             [-align <vector>] [-translate <vector>]
             [-rotate <vector>] [-[no]princ] [-scale <vector>]
             [-density <real>] [-[no]pbc] [-resnr <int>] [-[no]grasp]
             [-rvdw <real>] [-[no]sig56] [-[no]vdwread] [-[no]atom]
             [-[no]legend] [-label <string>] [-[no]conect]

説明¶

gmx editconf は、汎用構造形式を .gro, .g96 または .pdb 形式に変換します。

このボックスは、オプション -box、-d および -angles を使用して変更できます。 -box と -d は、-noc が使用されていない限り、システムをボックスの中央に配置します。 -center オプションを使用すると、システムのジオメトリの中心を、-c によって暗黙的に指定されるデフォルト値 (x/2, y/2, z/2) から別の値に変更できます。

オプション -bt は、箱の種類を指定します。「triclinic」はトリキリン箱、「cubic」はすべての辺の長さが等しい直方体、「dodecahedron」は菱面体、および「octahedron」は切り欠き八面体です。最後の2つはトリキリン箱の特殊なケースです。切り欠き八面体の3つの箱ベクトルの長さは、2つの対向するヘキサゴンの間の最短距離です。ある周期的な画像距離を持つ立方体と比較した場合、同じ周期的な距離を持つ菱面体の体積は立方体の0.71倍、切り欠き八面体の体積は0.77倍です。

オプション -box は、立方体、六面体多面体、または切り欠き八面体の形状のボックスに対して、1つの値のみを指定します。

``-d``オプションと、x、y、および z 方向のシステムサイズに対応する「トリキリス」型のボックスを使用する場合、寸法はシステム（原子間の最大距離）の直径に、指定された距離の2倍を加えた値に設定されます。 ``-d``オプションと「立方体」、「十二面体」、または「八面体」型のボックスを使用する場合、寸法はシステム（原子間の最大距離）の直径に、指定された距離を加えた値に設定されます。

オプション -angles は、オプション -box とトリキリン形状の箱と組み合わせて使用する場合にのみ意味を持ち、オプション -d との併用はできません。

「-n」または「-ndef」が設定されている場合、サイズと幾何学的中心を計算するためのグループを選択できます。それ以外の場合は、システム全体が使用されます。

-rotate: 座標と速度を回転させます。

-princ は、システムの主軸を座標軸に沿って揃えます。最も長い軸を x-軸に沿わせることで、ボックスの体積を小さくすることができます。ただし、分子はナノ秒単位で大きく回転する可能性があることに注意してください。

スケーリングは、他のすべての操作の実行前に適用されます。ボックスと座標をスケーリングすることで、特定の密度（オプション -density）を得ることができます。ただし、入力として .gro ファイルを指定した場合、この操作が不正確になる可能性があります。スケーリングオプションの特別な機能は、1つの次元に -1 を指定した場合、鏡像が作成されることです。 3つの次元に -1 を指定した場合、点対称の鏡像が得られます。

グループは、すべての操作が適用された後に選択されます。

周期性を粗末な方法で削除できます。周期性を削除する際には、入力ファイルの底にある箱ベクトルの値が正しいことを確認することが重要です。

.pdb ファイルを作成する際に、-bf オプションを使用して B-因子を追加できます。 B-因子は、次の形式のファイルから読み取られます。最初の行にはファイルの行数が、次の行にはインデックスと B-因子が記述されます。 B-因子は、行数が残りの B-因子よりも多い場合、または -atom オプションが設定されている場合を除き、残りのアミノ酸に対して追加されます。したがって、B-因子に代わる任意の数値データを追加できます。 -legend オプションを使用すると、最小値から最大値までの範囲の B-因子を持つ CA 結合原子の行が生成され、これにより、視覚化のための凡例を作成できます。

オプション -mead を使用すると、MEAD 電子相互作用プログラム（ポアソン・ボルツマンソルバー）用の特別な .pdb (.pqr) ファイルを作成できます。ただし、入力ファイルが実行入力ファイルである必要があります。その後、B-因子フィールドには原子のヴァン・デル・ワールス半径が、占有フィールドには電荷が入力されます。

オプション -grasp は類似していますが、電荷を B 値に、半径を占有に配置します。

オプション -align を使用すると、指定されたグループの主軸を、オプションで指定された回転中心 -aligncenter を用いて、指定されたベクトルに揃えることができます。

最後に、オプション -label を使用すると、editconf は .pdb ファイルにチェーン識別子を追加できます。これは、例えば Rasmol を使用した解析に役立ちます。

GROMOSなどの、立方体で角を切り取った形状（例えば、GROMOS）を使用するパッケージによって生成された、一部が欠損したオクトヘドラ形のファイルを変換するには、以下の手順を実行します。

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

ここで veclen は、立方体のサイズに sqrt(3)/2 をかけた値です。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro): ファイル構造: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル
-bf [<.dat>] (bfact.dat) (オプション): 汎用データファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.gro/.g96/...>] (出力ファイル名) (オプション): 構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp
-mead [<.pqr>] (mead.pqr) (オプション): MEAD 用の座標ファイル

Other options:

-[no]w (無): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-[no]ndef (無): デフォルトのインデックスグループから出力を選択する
-bt (斜方): 「-box」および「-d」の箱の形状: 立方晶、立方晶、十二面体、八面体
-box <ベクトル> (0 0 0): 箱ベクトルの長さ (a, b, c)
-angles <ベクトル> (90 90 90): 箱ベクトルの（bc, ac, ab）間の角度
-d <実数値> (0): 溶媒と箱の間の距離
-[no]c (無): 分子をボックスの中央に配置する（「-box」および「-d」によって暗黙的に指定）
-center <ベクトル> (0 0 0): ジオメトリの中心を (x, y, z) に移動する
-aligncenter <ベクトル> (0 0 0): 回転の中心点（位置合わせ用）
-align <ベクトル> (0 0 0): ターゲットベクトルに合わせる
-translate <ベクトル> (0 0 0): Translation
-rotate <ベクトル> (0 0 0): X、Y、およびZ軸周りの回転（度単位）
-[no]princ (無): 分子(複数)を主要な軸に沿って方向付ける
-scale <ベクトル> (1 1 1): スケーリング係数
-density <実数値> (1000): 出力ボックスの密度（g/L）をスケーリングによって達成
-[no]pbc (無): 周期性を取り除く（分子を元の状態に戻す）
-resnr <int> (-1): 残りの残基をresnrから再番号する
-[no]grasp (無): アトミンの電荷をB因子フィールドに、アトミンの半径を占有フィールドに格納する。
-rvdw <実数> (0.12): データベースに存在しない場合、またはトポロジーファイルにパラメータが指定されていない場合に、デフォルトのヴァン・デル・ワールス半径（nm単位）を使用する。
-[no]sig56 (無効): Van der Waals のポテンシャルにおける σ/2 ではなく、rmin/2 (最小値) を使用する
-[no]vdwread (無): 「ヴァン・デル・ワールスの半径を、フォースフィールドに基づいて計算するのではなく、ファイル vdwradii.dat から読み取る」
-[no]atom (無): 各原子に対してB因子を強制的にアタッチする
-[no]legend (無): B-因子凡例を作成する
-label <文字列> (A): すべての残基にチェーンラベルを追加する
-[no]conect (無): .pdb ファイルに CONECT レコードを追加する。これは、トポロジーファイル (tpr ファイル) が存在している場合にのみ可能です。

既知の問題¶

複雑な分子の場合、周期性除去のルーチンが機能しなくなることがあります。
その場合、gmx trjconv を使用できます。