GROMACS ツールへの改善¶
gmx insert-molecules でサポートされている溶媒の置換¶
gmx insert-molecules コマンドで、-replace オプションを使用して溶媒（またはその他の原子のセット）を指定できるようにします（選択肢として）。このツールは、指定されたセットの残りの残基を挿入された分子で置き換えるのではなく、そこに挿入するようにします。これは、分子に関する情報は通常、tpr 入力を必要とするため、システムを準備する際に一般的に利用できないと仮定しているためです。
一部の分析ツールのデフォルト乱数シードが変更されました。¶
個々のツールのドキュメントを参照して、その機能を確認してください。いくつかのケースでは、生成されたシードを取得するためのマジック値を変更した（または、現在ドキュメントに記載されています）。
PDB 入力をより適切に処理できるように、gmx solvate と gmx insert-molecules の機能を改善しました。¶
-f と -o が両方とも .pdb ファイルの場合、アトムが追加/削除されると、pdbinfo 構造が同期しなくなる。
新しい分析フレームワークに含まれるツールは、サブセットを含む軌跡ファイルを読むことができます。¶
新しいC++分析フレームワーク向けに作成されたツールが、原子の任意のサブセットを含む軌跡を分析できるようにする。
分子タイプ名の大文字・小文字を区別するようになりました。¶
これは、システムに36個以上のチェーンがあり、チェーンIDが設定されている場合に役立ちます。PDBでは、チェーン識別子として大文字、小文字、数字の両方を使用できます。これにより、最大62個のチェーンを使用できるようになります。
gmx rdf での数値密度正規化オプションを追加¶
「gmx rdf」コマンドに、出力の正規化として径方向の密度を選択するオプションを追加します（現在の生の近傍数と実際のRDFに加えて）。
gmx genconf の機能を簡素化し、-block、-sort、-shuffle オプションを削除しました。¶
オプション -block は、粒子分解が削除されたため、役に立ちません。オプション -sort と -shuffle はドキュメントに記載されておらず、実用性に欠けるようです。現在では、これらのオプションは、誰かが書いた簡単な Python スクリプトとして使用されている可能性があります。
``gmx wham``で使用された単位と変換のためのマクロ¶
また：1841
改善された gmx sasa のエラーメッセージ¶
出力グループが選択された計算グループの一部でない場合に、より多くの情報を出力するようにします。これにより、ユーザーは問題を特定するのに役立ちます。
PBCを使用せずに``gmx vanhove``が動作するようにしました¶
修正 gmx hbond グループの重複チェック¶
gmx hbond は、部分的に重なり合う分析グループをサポートしていません。コード内のチェックが機能していなかったため、この問題を検出しませんでした。その結果、誤った出力が表示されることがあり、見た目上は問題がないように見えます。また、意図的に（？）2の累乗でないenumのインデックスを使用しないことで、正しい結果が得されるように修正しました。
「gmx dos」が再び動作するように修正しました。¶
「gmx dos」のインデックス処理におけるエラーにより、常に致命的なエラーで停止していました。
gmx nmeig でメモリ使用量が多い場合にチェックを追加¶
gmx nmeig は、ベクトルの出力と、INT_MAX より多くの要素を持つ行列のストレージを要求できますが、ほとんどのループ変数は int 型です。 この場合、致命的なエラーが発生します。 これにより、過剰なメモリが要求された場合に表示される混乱したエラーメッセージを回避できます。 分配ルーチンは正しいサイズを取得しますが、gmx_fatal はそれをより小さい整数として表示します。 スパース行列の場合、"-first" > 1 をサポートするように追加されました。