gmx hbond

概要

gmx hbond [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
          [-o [<.ndx>]] [-num [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]]
          [-ang [<.xvg>]] [-dan [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
          [-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>]
          [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>]
          [-selrpos <enum>] [-seltype <enum>] [-r <selection>]
          [-t <selection>] [-[no]m] [-[no]pf] [-cutoff <real>]
          [-hbr <real>] [-hba <real>] [-de <string>] [-ae <string>]

説明

``gmx hbond``を使用すると、構造全体で、幾何学的な定義に基づいて水素結合を定義できます。

-r は、ターゲット選択における水素結合の検索の基準となる選択を指定します。この基準は、参照選択に対する相対的なものです。ただし、参照選択とターゲット選択のすべての原子は、完全に同一であるか、互いに重ならないようにする必要があります。動的な選択もサポートしています。

-t は、水素結合の検索を行う際の参照選択に対するターゲット選択を指定します。参照選択とターゲット選択のすべての原子が、完全に同一であるか、互いに重ならないものである必要があります。動的な選択も可能です。

-m オプションを使用すると、出力インデックスファイル内の水素結合に関する情報が、水素インデックスが異なる場合に統合されます。これにより、出力インデックスファイルには水素結合に関する情報が一切書き込まれません。

-pf は、システム全体ではなく、各フレームごとに水素結合を書き出すように強制します。 新しいフレームに関する水素結合の情報は、出力インデックスファイルのそれぞれのセクションに保存されます。

-cutoff は、ドナーとアクセプター間の距離（およびその逆）を定義する実数値であり、近傍検索で使用されます。最小（および推奨される）値は 0.35 です。

-hbr: 水素結合の距離を計算する際に使用するカットオフ値を設定します。 推奨される値: 0.35。

-hba: 水素結合角度を計算する際に使用するカットオフ値を設定します。 推奨される値: 30。

-de は、指定された要素が潜在的な水素結合供与体であるかどうかを確認するために、トポロジーから選択する原子要素を指定します。

-ae は、指定された要素が水素結合受容体となる可能性があるかどうかを確認するために、トポロジーから選択する原子要素を指定します。

-num を使用すると、時間に対する水素結合の数のプロットを出力できます。

-dist を使用すると、出力ですべての水素結合の距離分布のプロットを取得できます。

-ang を使用すると、出力ですべての水素結合の角度分布のプロットを取得できます。

``-dan``を使用すると、各フレームにおける分析されたドナーとアクセプターの数をプロットとして出力できます。

注意: これは、GROMACS 2024で追加されたhbondユーティリティの新しい実装です。もし古いバージョンが必要な場合は、「gmx hbond-legacy」を使用してください。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)

入力軌跡または単一構成: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション)

入力構造：tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.ndx>] (hbond.ndx)

インデックスファイルには、選択されたグループ、アクセプター、ドナー、および水素のインデックスと、選択されたグループ間のまたはグループ内での水素結合のペアが含まれています。

-num [<.xvg>] (hbnum.xvg) (オプション)

時間に対する水素結合の数。

-dist [<.xvg>] (hbdist.xvg) (オプション)

すべての水素結合の距離分布。

-ang [<.xvg>] (hbang.xvg) (オプション)

すべての水素結合の角度分布。

-dan [<.xvg>] (hbdan.xvg) (オプション)

各フレームについて分析されたドナーとアクセプターの数。

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレーム (ps) から読み込むトレジャー

-e <時間> (0)

読み込むトレジャーの最終フレーム (ps)

-dt <時間> (0)

フレームを使用する場合は、t MOD dt が最初に (ps) の値と一致している場合にのみ使用してください。

-tu <enum> (ps)

単位：fs（フェムト秒）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）

-fgroup <選択>

軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）

-xvg (xmgrace)

プロットのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし

-[no]rmpbc (有効)

各フレームで分子を完全な状態にする

-[no]pbc (はい)

周期境界条件を使用して距離を計算する

-sf <ファイル>

ファイルからの選択肢を提供

-selrpos (原子)

選択基準位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog

-seltype <enum> (原子)

デフォルトの選択結果の出力位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog

-r <選択範囲>

参照選択、検索対象の水素結合の検索が、この参照選択に対して行われる基準。

-t <選択>

検索対象となる水素結合の探索の基準となる、参照選択に対するターゲットの選択。

-[no]m (無)

水素結合に関する情報を、水素インデックスが異なる場合にまとめて処理します。

-[no]pf (無)

個々のフレームごとに水素結合を作成するのではなく、システム全体に対して水素結合を作成するのではなく、個々のフレームごとに水素結合を作成してください。

-cutoff <実数> (0.35)

ドナーからアクセプターまでの距離（およびその逆）、および隣接検索で使用される距離（nm単位）。 0より大きい値である必要があります。

-hbr <実数> (0.35)

水素結合の切断距離（ドナーとアクセプター間の距離、nm）。この値は、近傍検索の切断距離を超えてはならず、0より大きくする必要があります。

-hba <実数> (30)

A-D-H 結合角（度）。0 より大きい値である必要があります。

-de <文字列> (はい/いいえ)

供与原子。 デフォルトの原子: N, O。

-ae <文字列> (必須/任意)

受容体原子。 デフォルトの原子: N, O.