GROMACS 2018.2 リリースノート¶

このバージョンは2018年6月14日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|のバージョン2018.1以降の変更点、および既知の問題を修正するための内容を dokumentiert. また、2016.5以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。

mdrunが誤った動作をする問題を修正¶

OpenCL のタイミングに関連するメモリリークを防止¶

OpenCLのビルドとタイミングを使用する場合、メモリリークが発生すると、システム全体のメモリがすべて使用されてしまいます。

エネルギー最小化中に制約違反が発生した場合に発生するMPIエラーを修正¶

制約付きの固定原子の移動を修正¶

凍結された原子（結合の制約も適用されているもの）も動きが可能です。

固定された原子の移動中にCOMの削除を修正¶

凍結された原子が、中心質量運動除去グループの一部として使用された場合、それらは運動量を蓄積し、動き出すことがありました。

修正: AWHによるチェック頻度が少なすぎる問題を修正¶

多次元のAWHグリッドにおいて、グリッド全体をカバーするために必要なサンプル数に対して、点が多くなると、チェックの頻度が少なすぎるため、カバーの検出が遅れる可能性があります。

修正: AWH の継続性チェックの整合性¶

再起動時に発生する特定の変更は、意図した通りに許可されなくなりました。

修正: AWH awh-nsamples-update の値の検証¶

ゼロは、意図した通りに禁止されました。

`gmx` ツールに関する修正¶

grompp の警告でバッファオーバーフローを修正¶

gromppが255文字を超えるファイル名/パスで警告またはエラーを発行した場合、バッファオーバーフローが発生する可能性があります。これは、make check/testの実行時にも発生する可能性があります。

gmx solvateにおける無限ループを修正¶

溶媒のボックス情報が PDB ファイルに存在しない場合、gmx solvate が無限ループに陥る問題を修正しました。これは、溶媒の PDB ファイルで空のボックスの使用を禁止することで実現されました。

.edrファイルに一致するエネルギーグループがない場合に、エラーを修正¶

修正：PQRファイル出力¶

PQRファイル（gmx editconfから生成）が、固定形式で常に書き込まれていたため、標準形式に準拠していませんでした。このコミットでは、標準に準拠した別の出力方法を導入することで、この問題を修正します。

gmx solvate のクラッシュを修正¶

gmx solvateは、複数の溶媒分子タイプを使用した場合に、メモリの破損によりクラッシュすることがありました。

無効な定期的な設定に対するチェックを追加¶

結合相互作用における原子間の長距離は、不適切な周期性の除去につながる可能性があります。このような場合、不整合を示すメッセージが表示されますが、実行または分析は終了せず、他の、混乱を招くエラーが発生する可能性があります。現在、有益な致命的なエラーが表示されます。

移植性を向上させるための修正¶

WindowsでのCUDAコンパイルを修正しました。¶

gcc 8 で、POWER システム向けの SIMD サポートをダブル精度で修正しました。¶

KNLでIntelコンパイラを使用する場合に、潜在的な不正な命令を実行する問題を修正¶

その他の機能¶

OMP_NUM_THREADSに関する情報メッセージがログファイルに送信されるようになりました。¶

stderr ではなく、ログファイルに明確な形式で書き込むことで、この情報を追跡しやすくしました。

SIMD版の統合器が無効化されるのを修正¶

SIMD版のleap-frogインテグレータが、可能な場合、選択されるようにバグを修正しました。これにより、パフォーマンスが向上する可能性があります。

特定のAVX2/AVX512ハードウェアでの、独自のFFTWビルドのバグを修正¶

FFTWのバージョン3.3.8は、AVX2向けにgcc-8で発生していた既知のバグを修正するために、fast-mathフラグを削除し、またAVX512に対応したハードウェアでのユニットテストの失敗問題を修正しているようです。そのため、ダウンロードするバージョンを3.3.8にアップグレードしました。

GNU システムでのインストールに、より標準的な CMake 変数を採用¶

GnuInstallDirs.cmake はより良いアプローチです。

複数のドキュメントおよび出力に関する改善¶

最新の|Gromacs|コア出版物に対応した、トップレベルのREADMEファイルの更新。
GPU検出に関するレポートが改善されました。
gmx mindist -pi のドキュメントが改善されました。
債券に関連するmdpオプションに関するドキュメントが改善されました。
さまざまな誤字脱字を修正しました。
ツインレンジスキームに関する残りの記述を削除しました。
gmx trjconv -ndec のドキュメントが改善されました。