GROMACS 2026.1 リリースノート¶
このバージョンは2026年3月6日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2026.0版からの変更を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2025.4版およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
スレッドとMPIを組み合わせた場合のパフォーマンスの問題を修正しました。¶
OpenMPスレッドの数が多すぎ（約（CPUコア数）^2個程度）だと、パフォーマンスに深刻な影響を与える可能性があります。
CUDAでNNP推論を実行中に、終了時にセグメンテーション違反が発生する問題を修正¶
NNPotインターフェースを使用してシミュレーションを実行し、CUDAデバイスで推論を行う場合、プログラム終了時にセグメンテーション違反が発生することがありました。これは結果に影響はありませんでしたが、発生してはいけませんでした。
GPU上で摂動された非結合相互作用を実行すると、クラッシュが発生する可能性があります。¶
アトムに小さなLennard-Jonesのシグマパラメータを使用するか、またはLennard-Jonesの相互作用がない場合、ソフトコア上でGPUで非結合相互作用を実行すると、非常に大きな力が発生します。これにより、シミュレーションが数ステップでクラッシュする可能性があります。
GPU上で歪んだ非共有相互作用により、不正確な結果と多数のラムダ状態¶
GPUで摂動された非結合相互作用を実行する場合、64個を超えるラムダ状態を使用すると、ΔHの値（およびそれによって計算される自由エネルギー差）が不正確になります。
新しいAWHヒストグラム許容範囲パラメータはログファイルに記録されませんでした。¶
また、「gmx dump」にも追加しました。
「向きの制約の集約による平均化は、致命的なエラーを引き起こしました」¶
PME の調整は、GPU と単一の MPI ランクでは決して有効になりません。¶
gmx ツールに関する修正¶
``pdb2gmx``は、電荷と質量について、現在7桁の精度で表示できるようになりました。¶
pdb2gmx は、合計で最大 6 桁の小数点以下の電荷と質量を表示します。 現在は 7 桁であり、これは電荷と質量に適用される浮動小数点数の精度と一致しています。
gmx wham -ac の自己相関時間計算を修正¶
修正しました: gmx wham -ac が、引力をゼロから遠ざけた長いアンブレラサンプリング軌跡において、計算の精度低下により、非常に大きな統合自己相関時間 (IACT) を誤って報告していた問題を修正しました。
移植性に影響を与える修正¶
amdclang の最新バージョンで、デバイスアーキテクチャの設定問題を修正¶
より新しいバージョンのコンパイラは、テストファイルをHIP入力として正しく処理しないため、プロジェクトの設定を正しく行えなくなる。
その他¶
H5MDファイルにはユーザー名を書き込まないでください¶
mdrun は、H5MDファイル内の /h5md/author/name メタデータフィールドに、ユーザー名ではなく常に文字列「N/A」を書き込むようになりました。
CUDAカーネル内でワープユニフォーム変数を正しく検出する¶
NVCCがワープユニフォーム変数を正しく検出できず、非結合フォースカーネルにおいてパフォーマンスの低下を引き起こしていました。この問題を解決するための回避策が実装されました。
QM/MM CP2K MDモジュールは、セルの正交性を確認します。¶
CP2KにおけるQM/MMシミュレーションでは、正交な周期性セルが必要です。MDモジュールは、セルの正交性を確認し、正交でない場合はシミュレーションを中止します。ユーザーが提供したCP2Kの入力ファイルの場合、警告が表示されます。
新しいDFT関数と、CP2KにおけるQM/MMのためのD3分散修正¶
QM/MMシミュレーションにおいて、CP2Kを使用すると、B3LYP、PBE0、CAM-B3LYP、wB97X、wB97X-D3などのハイブリッドDFT関数と、すべての電子を扱う6-31G*基底セットを組み合わせて使用できるようになりました。さらに、すべての関数に対して、D3分散修正を使用するオプションが追加されました。
AdaptiveCpp を使用する際に、適切なストリーム優先度を使用してください。¶
Gromacs 2026.0 は、AdaptiveCpp 25.02 以前のバージョンでビルドされた場合、GPU ストリームの優先順位が反転していました。これにより、パフォーマンスが低下する可能性があります。