GROMACS 2023.4 リリースノート¶
このバージョンは2024年1月24日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2023.3バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2022.6バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
複数のウォーカーあたりのMPIランクでAWHシミュレーションを停止する¶
複数のウォーカー間で共有されるバイアスを持つAWHシミュレーション、および各ウォーカーに対して複数のMPIランクを使用した場合、エネルギーを出力しようとすると、つまりステップ0で既に停止してしまう。
誤った結果は生じません。
AWH を FE で使用する場合、mdrun がアサーションエラーで終了することがあります。¶
たとえば、LJ のみをハードコアのみで実行する場合に発生する問題です。また、クーロンや大きな分子の分離にも必要でした。現在は、適切なエラーメッセージが生成されます。
GPUアップデート時に、隣接要素の検索ステップで強制的な貢献が欠落する¶
隣接検索ステップにおいて、 virial が計算されない場合（つまり、nstlist が nstpcouple の倍数でない場合）で GPU 更新を使用した場合、GPU バッファのクリアと CPU で計算された力のコピーの間で競合が発生し、このステップで一部の力の寄与が失われる可能性があります。
これは、GPUに過剰な負荷がかかっていた場合、または hipSYCL/AdaptiveCpp が使用された場合にのみ発生するはずであり、そのような場合でも、問題が発生する可能性は非常に低い。
gmx ツールに関する修正¶
GROMACS エラーメッセージに、機能しないリンクが含まれていない¶
以前、2つのエラーメッセージには、|Gromacs|のウェブサイトに現在利用できないコンテンツへのリンクが含まれていました。これらのリンクは、現在利用可能な関連ドキュメント内の適切なページへのリンクに置き換えられました。
修正しました：AWHとFEPを使用した場合に、gromppで発生するセグメンテーション違反¶
gmx msd は、互換性のない軌跡が与えられた場合に、適切なエラーを発生させるようになりました。¶
gmx msd は内部的にフレーム時間をピコ秒に変換します。その結果、時間がピコ秒で表現できない数値（通常は軌跡出力が頻繁すぎる場合）の場合、ツールがクラッシュしたり、誤った結果を生成したりすることがあります。
現在、そのような場合にエラーメッセージが表示されます。
移植性に影響を与える修正¶
Boost 1.83 でのコンパイルを修正¶
その他¶
Parrinello-Rahman圧力を利用した位置制約と組み合わせた圧力カップリングを使用する場合、gromppで警告が表示されることがありました。この警告に対して、Berendsenを使用することを推奨していました。しかし、この推奨は現在、C-rescaleを使用することを推奨に変更されています。