GROMACS 2019.2 リリースノート¶

このバージョンは2019年4月16日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2019.1バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2018.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。

mdrunが誤った動作をする問題を修正¶

L-BGFS 最適化アルゴリズムの修正¶

ミニマイザーは、いくつかのシステムで失敗する可能性があります。

AWH を使用して周期的な方向のプルジオメトリを許可しない¶

これにより、誤った動作や意味不明なエラーメッセージが表示される可能性があります。

修正: mdrun -nsteps オプション¶

修正しました。mdrun`オプション `-nsteps が、特定の条件下でのみシミュレーションの拡張を許可していた問題を修正しました。

`gmx` ツールに関する修正¶

gmx cluster -clndx のインデックスが正しく修正されました¶

報告された軌跡フレームのクラスタにおけるインデックスが1つずれていました。

gmx editconf -f in.pdb -o out.pdb を再度実行すると、チェーンIDが保持されます。¶

これにより、以前の不具合が修正されました。

ツールは再び .tpr ファイルを入力として受け入れます¶

pdb2gmx, solvate、および insert-molecules ツールは、.tpr 形式のファイルに格納された入力構成を受け入れなくなっていました。この問題は修正されました。

修正：シミュレーションされたアンニングの入力準備時に発生するセグメンテーション違反を修正¶

gromppは、シミュレーションアンニーリング手順を含む入力ファイルに対して、tprファイルの作成に失敗していました。この問題は修正され、これらのファイルが再度生成できるようになりました。

移植性に影響を与える修正¶

AVX 512検出コード内のエラーを修正¶

CMake の検出コードにタイプミスがあり、誤った検出結果につながる可能性がありました。

その他の機能¶

GROMOS力場を使用する場合に関する警告を追加¶

gromppは、GROMOS力場が使用されている場合に警告を発するようになりました。GROMOS力場は、二重範囲カットオフに対して、物理的に不適切な複数ステップのスキームでパラメータ化されています。単一範囲カットオフを使用する場合、密度などの物理的特性が、意図された値からずれる可能性があります。

FFTW の内部ビルドを clang と AVX-512 SIMD を使用して行うのを防ぎました。¶

FFTW の内部ビルドで clang を使用して AVX-512 サポート付きでコンパイルしようとするのを防ぎました。 clang コンパイラでは、FFTW は AVX-512 レベルをサポートしていないため、コンパイルは失敗します。

最新のIntelプロセッサ（AVX512命令セットをサポート）に関するパフォーマンスガイドの更新¶

CPU周波数とSIMDスループットのトレードオフを考慮し、GPUオフロードや高度に並列なMPIの場合には、AVX2を使用することを推奨します。

2019.1 のリリースノート（更新版）¶

2019.1で作成されたGPUカーネルの修正（:ref:`fix <release-notes-2019-1-gpu>）は、問題：:issue:`2845`を解決すると考えられていましたが、さらなる調査の結果、実際の原因はまだ特定されていません。