gmx freevolume¶
概要¶
gmx freevolume [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
[-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>]
[-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-sf <file>]
[-selrpos <enum>] [-select <selection>] [-radius <real>]
[-seed <int>] [-ninsert <int>]
説明¶
gmx freevolume は、箱内の自由体積を時間関数として計算します。自由体積は、総体積に対する割合としてプロットされます。プログラムは、指定された半径のプロブをシミュレーションボックスに挿入しようとします。プロブと任意の原子間の距離が、両方の原子のボーラス半径の合計よりも小さい場合、その位置は占有されていると見なされ、つまり自由ではありません。半径を0に設定すると、真の自由体積が計算されます。例えば、0.14 nm（水分子に対応）のような、より大きな半径を使用すると、そのサイズの仮想的な粒子のための自由体積が計算されます。ただし、原子は硬球として扱われるため、これらの数値は非常に近似値であり、通常、相対的な変化のみが意味があります。例えば、異なる温度でのシミュレーションを複数実行することで、自由体積の変化を調べることができます。
選択されたグループは、非自由体積を定義するものと見なされます。単位体積あたりの挿入回数は、収束した結果を得るために重要です。約1000/nm^3の場合、全体的な標準偏差は、ランダムな数値による変動ではなく、軌跡の変動によって決まります。
結果は、ヴァン・デル・ワールス半径に大きく依存します。そのため、ボンド（1964年）の値を使用することを推奨します。
一部の著者らが使用する「部分的な空き体積 (FFV)」は、以下の式で計算されます。1 - 1.3*(1 - 空き体積)。この値はターミナルに表示されます。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)-s[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)追加のインデックスグループ
出力ファイルの指定オプション:
-o[<.xvg>] (freevolume.xvg) (オプション)計算された空きボリューム
Other options:
-b<時間> (0)読み込むトレジャーの最初のフレーム (ps)
-e(0)読み込むトレースファイルの最後のフレーム (ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt が最初に (ps) の値と等しい場合にのみ使用してください。
-tu<enum> (ps)時間値の単位: fs、ps、ns、us、ms、s
-fgroup<選択>軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg(xmgrace)書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc(はい)各フレームで分子を完全な状態にする
-sf<ファイル>ファイルからの選択肢を提供
-selrpos(属性)選択基準位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-select<選択>以下の原子は、除外ボリュームとして扱われます。
-radius<実数> (0)挿入するプローブの半径（nm、0は真の自由体積を示す）
-seed<整数> (0)乱数生成器のシード（0は生成を開始する）。
-ninsert<int> (1000)各フレームにおける軌跡において、試すプロベの挿入回数（立方 nm あたり）。