gmx spol

概要

gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
         [-o [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w]
         [-xvg <enum>] [-[no]com] [-refat <int>] [-rmin <real>]
         [-rmax <real>] [-dip <real>] [-bw <real>]

説明

gmx spol は、溶媒周辺の偶極を解析します。特に、極性のある水に適しています。参照原子のグループ、または質量中心参照（オプション -com）と溶媒原子のグループが必要です。プログラムは、溶媒原子のグループを分子に分割します。各溶媒分子について、参照グループ内の最も近い原子、または質量中心との距離が決定されます。これらの距離の累積分布がプロットされます。距離が -rmin と -rmax の範囲内であれば、距離ベクトルの偶極と溶媒分子の偶極の内積が計算されます。イオン（ネット電荷を持つ溶媒分子）の場合、各イオンの選択に含まれるすべての原子から、イオンのネット電荷が均等に引かれます。これらの偶極成分の平均が印刷されます。同様の手順は、極性についても適用され、瞬間の偶極から平均偶極が引かれます。平均偶極の大きさは、オプション -dip で設定され、方向は、選択された溶媒グループの最初の原子から、2番目と3番目の原子の中間点へのベクトルによって定義されます。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr>] (topol.tpr)

ポータブル XDR 実行入力ファイル

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (scdist.xvg)

ファイル名: xvgr/xmgr

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e <時間> (0)

読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt が初めてのケースでのみ使用してください (デフォルト単位: ps)

-[no]w (no)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg <enum> (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-[no]com (無)

重心を基準位置として使用する

-refat <int> (1)

溶媒分子の参照原子

-rmin <実数> (0)

最大距離 (nm)

-rmax <実数> (0.32)

最大距離 (nm)

-dip <実数> (0)

平均二極矩（D）

-bw <実数値> (0.01)

ビンの幅