gmx mindist¶
概要¶
gmx mindist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.xvg>]] [-on [<.xvg>]] [-o [<.out>]]
[-ox [<.xtc/.trr/...>]] [-or [<.xvg>]] [-b <time>]
[-e <time>] [-dt <time>] [-tu <enum>] [-[no]w]
[-xvg <enum>] [-[no]matrix] [-[no]max] [-d <real>]
[-[no]group] [-[no]pi] [-[no]split] [-ng <int>]
[-[no]pbc] [-[no]respertime] [-[no]printresname]
説明¶
gmx mindist は、あるグループと複数の他のグループとの間の距離を計算します。それぞれのグループから、任意の原子間の最小距離（および、指定された距離内の接触の数を）は、それぞれ別の出力ファイルに書き出されます。
オプション -pi を使用すると、グループと周期的なイメージとの最小距離がプロットされます。これは、シミュレーション中にタンパク質が周期的なイメージに遭遇したかどうかを確認するのに役立ちます。各方向に1つのシフトのみが考慮され、合計で26のシフトが生成されます。注意点として、オプション -s に付属するファイルから周期性情報が必要です。これは、.tprファイルまたはCRYST1フィールドを持つ.pdbファイルとして提供されます。また、グループ内の最大距離と3つのボックスベクトルの長さをプロットします。
また、gmx distance と gmx pairdist も距離を計算します。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr/.gro/...>] (topo.tpr) (オプション)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-od[<.xvg>] (mindist.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-on[<.xvg>] (numcont.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-o[<.out>] (atm-pair.out) (オプション)汎用出力ファイル
-ox[<.xtc/.trr/...>] (mindist.xtc) (オプション)-または[<.xvg>] (mindistres.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e<時間> (0)読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-tu<enum> (ps)単位: fs (ピコ秒), ps (ピコ秒), ns (ナノ秒), us (マイクロ秒), ms (ミリ秒), s (秒)
-[no]w(no)-xvg(xmgrace)xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]matrix(無)グループ間の距離の行列の半分を計算する
-[no]max(no)*最大*の距離を計算するのではなく、最小の距離を計算する
-d<実数値> (0.6)連絡先までの距離
-[no]group(無)最初のグループに複数の原子を持つ連絡先を1つとしてカウントする
-[no]pi(無)周期的な画像で最小距離を計算する
-[no]split(無)グラフを時間軸で分割する
-ng<整数> (1)中央グループとの距離を計算する、二次グループの数
-[no]pbc(有効)周期境界条件を考慮する
-[no]respertime(無)各残基の距離を記述する際は、各時間点における距離を記述してください。
-[no]printresname(無)残りの名前を記述する