gmx trjcat¶

概要¶

gmx trjcat [-f [<.xtc/.trr/...> [...]]] [-n [<.ndx>]] [-demux [<.xvg>]]
           [-o [<.xtc/.trr/...> [...]]] [-tu <enum>] [-xvg <enum>]
           [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]settime]
           [-[no]sort] [-[no]keeplast] [-[no]overwrite] [-[no]cat]

説明¶

gmx trjcat は、ソートされた複数の入力軌道ファイルに結合します。複数の時間フレームがある場合は、後方のファイルにあるものが使用されます。 -settime オプションを指定すると、各ファイルの開始時間を指定するように求められます。入力ファイルはコマンドラインから指定し、例えば gmx trjcat -f *.trr -o fixed.trr のようなコマンドで実行できます。 -cat オプションを使用すると、同じタイムスタンプを持つフレームを削除せずに、複数のファイルを簡単に結合できます。

重要なオプションの一つは、出力ファイルが入力ファイルの中に含まれている場合に適用されます。その場合、指定されたファイルが追加され、これにより、データを2倍の量で保存する必要がなくなります。もちろん、追加するファイルは、最も低い開始時間を持つファイルである必要があります。なぜなら、ファイルの末尾に追加できるからです。

「-demux」オプションが指定されている場合、読み込まれたN個の軌跡は、.xvg <xvg>`ファイルで指定された別の順序で書き込まれます。 :ref:.xvg <xvg>`ファイルには、以下のような内容が含まれている必要があります:

0  0  1  2  3  4  5
2  1  0  2  3  5  4

最初の数値は時間を示し、その後の数値は軌跡インデックスを指します。最初の行にある数値に対応するフレームは、出力された軌跡にまとめられます。軌跡内のフレーム数が .xvg ファイル内の数と一致しない場合、プログラムは賢く動作しようとします。注意してください。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...> [...]] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル
-demux [<.xvg>] (remd.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xtc/.trr/...> [...]] (trajout.xtc): 軌跡: xtc trr gro g96 pdb tng h5md

Other options:

-tu <enum> (ps): 単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-b <時間> (-1): 初めて使用する場合 (ps)
-e (-1): 最後に使用可能 (ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（ps）のときにのみ書き込む
-[no]settime (無): インタラクティブに開始時間を変更する
-[no]sort (はい): 軌跡ファイル（フレームではない）をソートする
-[no]keeplast (無): 最後に、重なり合うフレームを保持する
-[no]overwrite (なし): Overwrite overlapping frames during appending
-[no]cat (無): ダブルタイムフレームを削除しないでください