主要機

GROMACS 2024.0 は 2024 年 1 月 30 日にリリースされました。それ以降にパッチリリースが行われた可能性がありますので、最新版をご利用ください。以下に、期待できる主な機能と、詳細については以下のリンクをご参照ください！

もちろん、今回も、GPUを使用する場合としない場合の両方で、いくつかの便利なパフォーマンス改善が導入され、すべてがデフォルトで有効化されています。さらに、シミュレーションの実行に役立ついくつかの新機能も提供しています。新バージョンが、お客様のシミュレーションとハードウェアでどのように動作するかについて、ぜひフィードバックをお寄せください。新機能は以下のとおりです。

  • Colvars ライブラリは、GROMACS からネイティブに利用できるようになりました。これにより、高度なエンハンストサンプリングシミュレーションの使用が容易になります。

  • Lennard-Jones パア相互作用による圧力に関連するアーティファクトを、Verlet バッファの構成可能な増加によって削減できます。これにより、わずかなパフォーマンス低下が発生する可能性があります。特に、粗い粒子のシステムでは顕著です。

  • 修正しました。deform オプションのいくつかの側面を修正しました。これにより、箱の変形を用いたシミュレーションが、高いせん断や固体または膜の破壊などの状況で正しく動作するようになります。これは、deform オプションが粘度を計算するために使用できることを意味します。

  • ``grompp``で新しいオプションが導入され、水素原子の質量再分配を容易に行えるようになりました。これにより、パフォーマンス向上のための設定がより簡単になります。

  • AWHの改善点として、ヒストグラムの成長係数のより良い制御、およびAWHの摩擦メトリックに基づいてターゲット分布の自動スケーリングを可能にするものなどが挙げられます。

  • 設定可能な HeFFTe のマルチ GPU FFT オプションにより、ユーザーは特定のユースケースに合わせて設定を微調整できます。