gmx 潜在力¶

概要¶

gmx potential [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
             [-o [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-of [<.xvg>]] [-b <time>]
             [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>]
             [-d <string>] [-sl <int>] [-cb <int>] [-ce <int>]
             [-tz <real>] [-[no]spherical] [-ng <int>] [-[no]center]
             [-[no]symm] [-[no]correct]

説明¶

gmx potential は、箱全体にわたる静電ポテンシャルを計算します。ポテンシャルは、まず各スライスごとの電荷を合計し、その電荷分布を2倍することで計算されます。周期境界は考慮されません。ポテンシャルの基準は、箱の左側の位置とみなされます。また、球座標系でポテンシャルを計算することも可能です。これは、球状のスライスで電荷分布を計算し、それらを2倍に積分することで実現できます。εrは1とみなされますが、多くの場合は2の方が適切です。

オプション -center は、任意のグループの中央に基づいてヒストグラムのビンニングとポテンシャルの計算を行います。絶対的なボックス座標を使用します。全体システムに基づいて中央を基準とする場合、Z軸のボックス寸法 bZ に対して、-bZ/2 から bZ/2 までの範囲で出力されます。オプション -symm は、出力の中央値を対称化します。これにより、自動的に -center も有効になります。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (index.ndx): インデックスファイル
-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (potential.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-oc [<.xvg>] (charge.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-of [<.xvg>] (field.xvg): xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e <時間> (0): 読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-d <文字列> (Z): 膜上で、X、Y、またはZ方向の通常の操作を実行します。
-sl <int> (10): 箱の長さを指定し、箱をこの数個のセグメントに分割して、それぞれのセグメントにおけるポテンシャルを計算します。
-cb <int> (0): この数の最初の箱の切り出しを、統合のために除外します。
-ce <int> (0): この数の最後の箱の切り出しを無視して統合する
-tz <実数値> (0): この距離で、ボックスの方向にすべての座標を移動する
-[no]spherical (無): 球座標で計算する
-ng <int> (1): 考慮するグループの数
-[no]center (無): 中心となる（変化する）箱に対して、ビンニング（グルーピング）を実行します。二重層構造の解析に役立ちます。
-[no]symm (無): 軸方向に対して密度を対称化する。特に、二重層構造に適している。
-[no]correct (無): グループのネットゼロ充電を前提とすることで、精度を向上させる

既知の問題¶

統合のためにスライスを削除する必要はありません。