GROMACS 2021.4 リリースノート¶
このバージョンは2021年11月5日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2021.3バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2020.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
大規模システムで仮想サイトを使用している場合に発生するクラッシュを修正¶
大規模なシステム（仮想サイトを含む）でドメイン分割とOpenMPスレッドを使用した場合、mdrunは、ドメイン内の原子数とその周辺原子数が200,000を超えるとクラッシュすることがありました。
GPU LINCS で原子が間違った方向に移動する問題を修正¶
LINCSのCUDA版には、必要な同期処理が不足しているため、共有メモリがまれに新しいデータで上書きされることがあります。これにより、シフトされた原子の最終的な座標にわずかな影響が出る可能性があります。
FEPシミュレーションにおけるPME混合モードの使用を無効化しました。¶
ミックスモード PME (-pme gpu -pmefft cpu) の使用により、FEP シミュレーションにおける \({\frac{\partial V}{\partial {\lambda}}}\) の計算が不正確になりました。
ミキスタモードは、ユーザーによって明示的に要求された場合にのみ使用されます。
AWHの自由エネルギー出力で、他の次元でFEPを実行する際に発生する誤ったNaN値を修正¶
AWH を alchemical の自由エネルギー擾乱を複数の次元のいずれかとして実行した場合、出力に NaN 値が含まれる可能性があります。これは、ログ操作の失敗によるもので、AWH のバイアスには影響しませんでした。つまり、シミュレーション自体には影響はありませんでしたが、出力には影響がありました。
MPIを使用せずにmdrunが動作するようにしました¶
MPIまたはスレッド-MPIのいずれも設定されていない場合、mdrunはアサーションエラーで終了します。
gmx ツールに関する修正¶
修正 gmx convert-tpr -s -o¶
以前は、インデックスファイルを提供する場合にこの組み合わせを使用できました。現在は、インデックスファイルを提供しない場合でも、デフォルトのインデックスグループと組み合わせて使用できます。
gromppは、質量中心の動きの除去と位置制約を組み合わせる際に、もう一度メモを表示するようになりました。¶
大規模インデックスグループの静的な選択が正常に動作するようになりました¶
コマンド「gmx distance -f traj.xtc -n ndx.ndx -select "group "Contacts""」は、Contacts のサイズが原子の数よりも小さい場合にのみ機能していました。この制限はバグであり、現在は Contacts のサイズに制限がなくなりました。
その他の、インデックスグループから派生した静的な選択を使用する類似のケースも、これで正常に動作します。
インデックスグループの静的な選択が、重複するインデックスを持つ場合に正常に機能するようになりました。¶
静的なグループ（インデックスファイルを参照）が選択（例：gmx tool -select "group "Contacts""）で機能するには、グループ内で同じインデックスが隣接して繰り返されることはありませんでした。同じインデックスを繰り返すことは意味がある場合があります（例：`gmx distance`を使用して「1 2 2 3」のような原子間の距離のリストを分析する場合）。以前は、グループを次のように記述する必要がありました：「2 3 1 2」。
移植性に影響を与える修正¶
その他の機能¶
修正：影響のある gmxapi スクリプトの再実行に関するバグ¶
タイプミスにより、gmxapiシミュレーションが中断後にチェックポイントから再開されないことが発生する可能性がありました。この問題は、gmxapi Pythonパッケージのバージョン0.2.3で修正されました。