GROMACS 2019.5 リリースノート¶
このバージョンは2019年12月23日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2019.4バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2018.8バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
修正：PMEでの初期化されていないデータの使用¶
GROMACS の GPU 対応版を clang を使用してコンパイルする場合（ホストのみまたはホストとデバイスの両方を使用する場合）、PME データ構造が初期化されない場合があり、これにより LJ PME エネルギー、バイラル、圧力の値がランダムな値で計算される可能性があります。
このバグの影響は、ポテンシャルエネルギーと全エネルギーが誤っている可能性があることですが、クーロンメッシュエネルギーは正しいままでした。これにより、サンプリングには影響がありませんでした。圧力も誤っている可能性があり、圧力連成を使用する場合、サンプリングに影響を与える可能性がありますが、シミュレーションは数ステップでクラッシュする可能性が高いです。
これは、|Gromacs|をgccをホストコンパイラとして使用してビルドしたバージョンには影響がないように見えます。
無効なメモリへのアクセスをフリーエネルギー計算で修正¶
「自由エネルギー計算において、ラムダ状態を使用しない場合、出力バッファは割り当てられたサイズよりも1つの要素先でアクセスされます。このことが誤った結果を引き起こすとは予想していませんが、メモリチェックツールは警告を発します。」
macOS Catalinaで動作しないApple Clangコンパイラを回避する方法¶
macOS Catalinaでは、デフォルトのXcodeコンパイラがスタックの整列をチェックし、強制します。もしAppleがAVX命令を有効にした場合に、Cライブラリがスタックの整列を違反するようなものを同梱していなければ、これは非常に有効な機能であったでしょう。
分子間相互作用とドメイン分割に関するエラーを修正¶
分子間相互作用がカットオフよりも長い距離にある場合、およびドメイン分解を使用した場合、`mdrun`は、相互作用が検出されないというエラーメッセージで終了することがあります。
AWHにおけるプル・ジオメトリの「direction」パラメータを周期的に設定することで、発生していた問題を修正¶
AWHでの定期的なプル・ジオメトリ「direction」の動作において、距離がボックスサイズの半分から2%以内の場合に発生する致命的なエラーを修正しました。AWHのインターバルがボックスサイズよりも大きい場合に発生するアサーションエラーを、致命的なエラーに変更しました。プル・ジオメトリ「direction-periodic」に関するドキュメントを明確化しました。
AWHを使用していない場合に、初期段階を使用しない場合の、アサーションエラーを解消する¶
gmx ツールに関する修正¶
ヒストグラムの出力をより分かりやすくする¶
出力結果は、ヒストグラムのバーに含まれるイベント数を「相対値（a.u.）」で示しており、ユーザーには分かりにくかった。
180度境界付近でのジヘドラルの角度計算の修正¶
分析ツールは、-180度または180度の境界に近い場合に、トルク角とその平均値を誤って計算する可能性があります。
gmx angleツールからの問題のある出力の削除¶
角度の標準偏差の計算が、空の集団に対してゼロ除算エラーを引き起こす可能性があります。この標準偏差は意味を持たないため、削除されました。
移植性に影響を与える修正¶
libhwlocのヘッダーファイルと実行ファイルが一致していることを確認する¶
libhwlocのヘッダーとライブラリの検出が、コンパイル時または実行時に不一致を引き起こし、mdrunを使用中に意味不明なクラッシュを引き起こす可能性があります。
その他の項目¶
大きなボックスを含む.groファイルの書式設定を修正¶
|Gromacs|のマニュアルでは、.groファイル形式の箱の成分はスペースで区切られていると記載されています。しかし、最初の成分以外に箱の成分が1000nm以上またはオフ対角成分が-100nm以下の場合、スペースは出力されませんでした。現在、少なくとも1つのスペースが出力されるようになりました。すでに成分間に少なくとも1つのスペースが含まれている形式で記述された内容は変更されません。ドキュメントに準拠し、空白による区切りを期待する既存のパーサーは、すべてのケースで正常に動作し続けます。
重複した PDB CONECT レコードの出力修正¶
PDB「CONECT」レコードの出力が、一部のインスタンスで重複していた。|Gromacs|では、これらのレコードを使用していないため、分析には影響がなかった。この動作は修正されている。
GPUストリームが間違っている場合に、バインドされたインタラクションにおけるパフォーマンスの問題を修正¶
これにより、パフォーマンスに大幅な低下が発生する可能性があります。