gmx rdf¶

概要¶

gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
        [-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
        [-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>]
        [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>]
        [-seltype <enum>] [-bin <real>] [-norm <enum>] [-[no]xy]
        [-[no]excl] [-cut <real>] [-rmax <real>] [-surf <enum>]
        [-ref <selection>] [-sel <selection>]

説明¶

gmx rdf は、1つの参照セット（-ref オプションで指定）から1つ以上の位置セット（-sel オプションで指定）に対して、ラジアル分布関数を計算します。参照セット内の最も近い位置に対してRDFを計算するには、-surf オプションを使用します。 -surf が設定されている場合、-ref は -surf の値に基づいてサブセットに分割され、各サブセット内の最も近い位置が使用されます。 z-軸に平行な軸（つまり、x-*y*平面内のみ）に対するRDFを計算するには、-xy オプションを使用します。

RDF で使用するビンの幅と最大距離を設定するには、それぞれ -bin および -rmax オプションを使用します。後者は、RDF がデフォルト（PBC の場合、ボックスサイズの半分、PBC なしの場合、ボックスサイズの 3 倍）までには関心がない場合に、計算コストを制限するために使用できます。

トポロジーからの除外を使用するには（-s）、-excl``を設定し、-ref``と``-sel``が両方とも原子のみを選択するようにしてください。分子内ピークを除外するためのより簡単な代替手段は、RDFを小さな距離でクリアするために、``-cut``をゼロ以外の値に設定することです。

RDFは、以下の方法で正規化されます。1) -ref (「-surf」で指定されたグループの数) に基づく平均の位置数、2) ビンの体積、および、その選択に対する -sel の位置の平均粒子の密度。正規化を変更するには、-norm を使用します。

rdf: 正規化にはすべての要素を使用します。これにより、正規化されたRDFが生成されます。
number_density: 最初の2つの要素を使用します。これにより、距離に対する数値密度が得られます。
none: 最初の要素のみを使用します。この場合、RDFはビンの幅でスケーリングされ、曲線の下の面積が範囲内のペアの数を表すようにします。

注意: 除外設定は正規化に影響しません。-excl が設定されていても、-ref と -sel に同じ選択が含まれていても、正規化係数は依然として N*M であり、N*(M-excluded) ではありません。

-surf の場合、-ref に指定する選択は、原子のみを選択する必要があります。つまり、質量中心はサポートされていません。さらに、-nonorm が暗黙的に適用されます。これは、ビンの形状が不規則であり、ビンの体積を簡単に計算できないためです。

オプション -cn は、累積的なRDF数を生成します。つまり、距離 r 内の粒子の平均数を表します。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 入力軌跡または単一構成: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション): 入力構造: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): 追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (rdf.xvg): 計算されたRDF
-cn [<.xvg>] (rdf_cn.xvg) (オプション): 累積的なRDF

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレーム (ps) から読み込むトレース
-e <時間> (0): 読み込むトレースの最後のフレーム (ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t が dt での最初の時間と等しい場合にのみ使用してください (ps)
-tu <enum> (ps): 時間値の単位: fs、ps、ns、us、ms、s
-fgroup <選択>: 軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg (xmgrace): 書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc (はい): 各フレームで分子を全体として構成する
-[no]pbc (はい): 周期境界条件を使用して距離を計算する
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (属性): 選択基準の位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-seltype <enum> (アトム): デフォルトの選択出力位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-bin <real> (0.002): ビンの幅 (nm)
-norm <enum> (rdf): 正規化: rdf, 密度, なし
-[no]xy (無): 距離のxとyの成分のみを使用する
-[no]excl (無): トポロジーからの除外を使用する
-cut <実数値> (0): 考慮される最短距離（nm）
-rmax <実数> (0): 計算する最大距離（nm）
-surf <enum> (無): RDF は、参照表面に対する以下のいずれかの表現: no, mol, res
-ref <選択>: RDF計算のための参照選択
-sel <選択>: RDFの計算元を選択