パフォーマンス改善

GPU での CUDA を使用した、摂動された非結合相互作用のための自由エネルギーカーネル

CUDA GPUを搭載したハードウェアで、フリーエネルギー計算の実行速度が向上します。特に、CPUが比較的弱く、または多くの擾乱された非結合相互作用が存在する場合に、その効果が大きくなります。この機能は「MetaX Integrated Circuits Technology」によって提供されています。ただし、この機能は現在、実験的なものとしてマークされています。

複数のGPUでの実行時に、GPUを意識したMPIを使用したPME（Parallelized Matrix Eigenvalue Solver）の力伝達を最適化しました。

(外部)GPUに対応したMPIライブラリを使用し、GPUビルドを使用する場合、GPU間のPME力データの転送が最適化され、非ブロッキングMPI呼び出しを使用することで、パフォーマンスが最大で約5%向上します。

AWHヒストグラムの整合性チェックがより寛容に

AWHヒストグラムの均衡確認機能（複数のウォーカーを使用することを推奨）は、最大20%の偏差という過度に厳格な許容範囲を使用していました。この許容範囲は、現在ユーザーが設定でき、デフォルト値は30%です。この設定により、複数のウォーカーを使用する場合に大幅に高速な収束を実現できます。単一のウォーカーを使用する場合でも収束に影響を与えないため、ヒストグラムの均衡確認機能はデフォルトで有効になっています。