GROMACS 2016.5 リリースノート¶
このバージョンは2018年2月16日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|のバージョン2016.4以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正するために行われた変更を文書化しています。また、バージョン5.1.5（このシリーズの最後の計画されたリリース）で実施されたすべての修正も含まれています。
mdrun が誤った動作をする問題を修正¶
triclinic領域分割のバグを修正¶
トリキリンの単位格子（ベクトル a, b, c）の場合、b[x]!=0 の場合に x 軸方向への不適切なハローが通信され、ベクトル c が z 軸と平行でない場合に、ハローのカットオフ境界面が x/z 軸方向に誤って傾きます。このエラーは、b[x]*(c[x] - b[x]*c[y]/b[y]) に近似的に比例します。c[x] > b[x]*c[y]/b[y] の場合、通信されるハローが小さくなり、不安定性やエラーが発生する可能性があります。また、c[x] < b[x]*c[y]/b[y] の場合、通信されるハローが大きくなり、通信オーバーヘッドが発生する可能性があります。
必須: -ntmpi と -ntomp を設定し、GPU を使用する¶
GPUとthread-MPIを使用する場合、「-ntomp」のみを指定すると、ハードウェアのスレッドが過剰に割り当てられる可能性があります。現在、GPUとthread-MPIを使用する場合は、-ntomp`を使用する際に-ntmpi`も指定する必要があります。ここでは、ユーザーが`-nt`と`-ntomp`の両方を指定した場合にも`-ntmpi`を指定するようにしました。これにより、スレッドの数を推測できますが、-ntmpi`を明示的に指定するようにユーザーに求める方が安全です。-ntmpi`と`-nt`の両方を指定した場合も、以前から正常に動作していました。
交換後、動的な負荷分散が直ちに開始されるのを防ぐ¶
レプリカの交換後すぐにDLBを有効にすると、アサーションエラーが発生し、効果もありません。
動的な実行ではない場合に、終了時に混乱を招く可能性のあるメッセージを回避¶
EM、TPI、NMなどの項目は、パフォーマンス最適化の対象ではないため、パフォーマンスレポートは作成しません。このコミットにより、パフォーマンスレポートがないことが正常な状態であることをユーザーに警告する誤りを修正します。
-cpi チェックポイントファイルが存在しない場合に、より少ないメッセージを表示するように変更¶
重複したメッセージを削除しました。
PME-ユーザーとVerletカットオフの組み合わせは許可されていません¶
pme-user 用の欠落していた Ewald 補正を追加¶
coulomb-type = pme-user を使用した場合、Ewaldメッシュエネルギーが差し引かれていないため、非常に不正確なクーロンエネルギーと力が計算されます。
修正：スレッドとMPIのランク選択における方向制約¶
単一のランクのみがサポートされているため、スレッドとMPIコードはそれに基づいて選択されます。後で別のチェックが行われ、マルチランクのMPIケースを検出します。
nstlist の増加に関する警告の表示を修正¶
ログファイル内の警告メッセージには、このコミットで修正されたバグのある条件がありました。
CHARMM tips3p に関する誤ったコメントを削除¶
壁のdV/dlambdaの計算を修正¶
壁の自由エネルギー微分 dV/dlambda は、非壁原子の種類を変更することで摂動されることができ、B 状態の寄与のみを含んでいた。
定期的な分子に関する confout の警告を修正¶
周期分子の場合、「gmx mdrun」は、最終状態を confout に書き出す際に、分子を完全に形成しようとして誤った動作をすることがありました。
誤ったメガフロップの計算を修正¶
interaction_function 配列内の一部の nrnb インデックスエントリが欠落していたため、誤ったメガフロップスの計算が表示されるようになりました。
gmx ツールに関する修正¶
修正： gmx grompp のネットワーク電荷チェック¶
「net charge」のチェックにおいて、複数の、連続していない分子ブロックで分子タイプが使用されている場合、末尾の分子ブロックは無視されます。
「gmx grompp」でエネルギー項が見つからないというメッセージが拡張されました。¶
gmx genion の電荷合計の精度が修正されました¶
gmx genion で蓄積される電荷は浮動小数点数であり、これにより、高電荷を持つシステムの場合、実際の電荷の過小評価を引き起こす可能性があります。
修正：異なる原子数の tprs に対しての gmx check の動作¶
修正：gmx grompp と Andersen の大規模計算、および COM の削除¶
修正：浮動小数点例外によりクラッシュが発生する問題を修正しました。また、Andersen massive（`gmx grompp`から`gmx mdrun`へ）における、`tau_t`が`delta_t`の倍数の一般的なケースにおいて、異なる丸め処理が発生する可能性を修正しました。
改善されたドキュメント¶
Nose-Hoover の出力に関するドキュメントの更新¶
Nose-Hoover チェーン変数の出力に関するドキュメントは（非常に）古くなっていました。