gmx スプレッド¶
概要¶
gmx scattering [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
[-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>]
[-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>]
[-selrpos <enum>] [-seltype <enum>] [-sel <selection>]
[-startq <real>] [-endq <real>] [-qspacing <real>]
[-binwidth <real>] [-mc-coverage <real>] [-seed <int>]
[-[no]norm] [-[no]mc] [-scattering-type <enum>]
説明¶
gmx scattering は、デバイ法を用いて SANS および SAXS の散乱曲線を計算します。
散乱強度 I(q) は、フレームごとの平均を考慮して、散乱角 q との関数として表される。
注意: これは、GROMACS 2024で追加されたSANS/SAXSユーティリティの新しい実装です。もし古いバージョンが必要な場合は、「gmx sans-legacy」または「gmx saxs-legacy」を使用してください。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)-s[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション)-n[<.ndx>] (インデックスファイル) (オプション)追加のインデックスグループ
出力ファイルの指定オプション:
-o[<.xvg>] (scattering.xvg) (オプション)散乱強度のqに対する関数
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレーム (ps) から読み込むトレース
-e<時間> (0)読み込むトレースの最後のフレーム (ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt が最初の時間（ps）と等しい場合にのみ使用してください。
-tu<enum> (ps)単位：fs（フェムト秒）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）
-fgroup<選択>軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg(xmgrace)プロットのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc(有効)各フレームで分子を全体として再構築する
-[no]pbc(有効)周期境界条件を使用して距離を計算する
-sf<ファイル>ファイルからの選択肢を提供
-selrpos(属性)選択基準位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-seltype<enum> (原子)デフォルトの選択出力位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-sel<選択>散布計算の選択
-startq<実数> (0)最小の q 値 (1/nm)
-endq<実数> (2)最大の q 値 (1/nm)
-qspacing<実数> (0.01)q値の間隔 (1/nm)
-binwidth<実数> (0.1)P(r) のためのビンの幅 (nm)
-mc-coverage<実数値> (0.2)モンテカルロシミュレーションのカバー率（%）
-seed<整数> (2023)モンテカルロ法のための乱数シード
-[no]norm(無)散布強度を正規化する
-[no]mc(はい)モンテカルロ法を用いて散乱強度を計算する
-scattering-type<enum> (種類)種類: saxs, sans