gmx フィルター¶
概要¶
gmx filter [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xtc/.trr/...>]] [-oh [<.xtc/.trr/...>]]
[-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w] [-nf <int>]
[-[no]all] [-[no]nojump] [-[no]fit]
説明¶
gmx filter は、軌跡に対して周波数フィルタリングを行います。フィルタの形状は、-Aから+Aまでの範囲で cos(πt/A) + 1 であり、Aの値は入力軌跡の時間ステップにオプション -nf で指定された値によって決定されます。このフィルタは、周期Aの変動を85%、周期2*Aの変動を50%、周期3*Aの変動を17%程度低減します（低周波フィルタリング）。低周波と高周波の両方でフィルタリングされた軌跡を書き出すことができます。
オプション -ol は、ローパスフィルタリングされた軌跡を書き出します。 1つの入力フレームごとに、-nf フレームごとに1フレームが書き出されます。 このフィルタの長さと出力間隔の比は、高周波の動きによるエイリアシングを効果的に抑制し、滑らかな映画を作成するのに役立ちます。 また、座標に線形なプロパティの平均値も保持されます。なぜなら、出力ではすべての入力フレームが均等に重み付けされるからです。 すべてのフレームが必要な場合は、-all オプションを使用してください。
オプション -oh は、高周波成分を除去した軌跡を生成します。高周波成分を除去した座標は、構造ファイルからの座標に加算されます。高周波フィルタリングを使用する場合は、-fit オプションを使用するか、構造ファイル内の座標でフィットされた軌跡を使用していることを確認してください。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr/.gro/...>] (topo.tpr) (オプション)-n[<.ndx>] (インデックスファイル) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-ol[<.xtc/.trr/...>] (lowpass.xtc) (オプション)-oh[<.xtc/.trr/...>] (highpass.xtc) (オプション)
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e<時間> (0)読み込むトレースファイルの最後のフレームの時刻 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt が最初に発生したときにのみ使用します（デフォルト単位：ps）。
-[no]w(無)-nf<整数> (10)低パスフィルタリングにおけるフィルタの長さと出力間隔を設定します。
-[no]all(no)すべての低パスフィルタリングされたフレームを書き出す
-[no]nojump(はい)箱をまたがる原子のジャンプを削除する
-[no]fit(無)すべてのフレームを基準構造に合わせる