gmx grompp¶

概要¶

gmx grompp [-f [<.mdp>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-r [<.gro/.g96/...>]]
           [-rb [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
           [-t [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]] [-qmi [<.inp>]]
           [-ref [<.trr/.cpt/...>]] [-po [<.mdp>]] [-pp [<.top>]]
           [-o [<.tpr>]] [-imd [<.gro>]] [-[no]v] [-time <real>]
           [-[no]rmvsbds] [-maxwarn <int>] [-[no]zero] [-[no]renum]

説明¶

``gmx grompp``（GROMACSの前処理ツール）は、分子のトポロジーファイル、ファイルの有効性を確認し、分子の記述から原子の記述へのトポロジーの拡張を行います。トポロジーファイルには、分子の種類と分子の数に関する情報が含まれており、前処理ツールは必要に応じて各分子をコピーします。分子の種類には制限はありません。水素と重い原子に対して、結合と結合角を個別に制約に変換できます。その後、座標ファイルが読み込まれ、要求に応じて、マクシェルの分布から速度を生成できます。``gmx grompp``は、以下のパラメータも読み取ります：`gmx mdrun <gmx-mdrun>`（例：MDステップ数、時間ステップ、カットオフ）。最終的に、MDプログラムの唯一の入力ファイルとして機能するバイナリファイルが生成されます。

gmx grompp は、トポロジーファイルからアトンの名前を使用します。座標ファイル（オプション -c）のアトンの名前は、トポロジーファイルのアトンの名前と一致しない場合にのみ警告を生成するために読み取られます。ただし、シミュレーションではアトンの名前は関係ありません。アトンの種類のみが、相互作用パラメータを生成するために使用されます。

gmx grompp は、組み込みのプリプロセッサを使用して、インクルード、マクロなどを解決します。プリプロセッサは、次のキーワードをサポートしています:

#ifdef VARIABLE
#ifndef VARIABLE
#else
#endif
#define VARIABLE
#undef VARIABLE
#include "filename"
#include <filename>

これらのステートメントが、あなたのトポロジーでどのように機能するかは、次の2つのフラグを .mdp ファイルに設定することで調整できます。:

define = -DVARIABLE1 -DVARIABLE2
include = -I/home/john/doe

詳細については、Cプログラミングの教科書が役立ちます。「-pp」オプションを使用すると、前処理されたトポロジーファイルが生成され、内容を確認できます。

位置制約を使用する場合、制約座標を含むファイルが必要です。これは、-r``オプションで指定されたファイルと同じファイルである必要はありません。フリーエネルギー計算では、Bトポロジーの別々の参照座標を-rb``オプションで指定できます。そうしない場合、それらはAトポロジーの座標と同じになります。

開始座標は、-t オプションを使用して軌跡から読み取ることができます。座標と速度の情報を含む最後のフレームが読み取られます。ただし、-time オプションを使用している場合は、そうではありません。この情報がない場合にのみ、-c ファイル内の座標が使用されます。また、:ref:.mdp ファイルで gen_vel = yes と設定されている場合、これらの速度は使用されません。エネルギーファイルは、-e オプションを使用して、Nose-Hoover および/または Parrinello-Rahman のカップリング変数を読み取ることができます。

gmx grompp を使用してシミュレーションを再開（連続性を維持しながら）するには、-t オプションで単にチェックポイントファイルを指定するだけです。ただし、シミュレーションのステップ数を変更して実行を延長する場合、「gmx convert-tpr」を使用する方が、gmx grompp よりも便利です。その後、古いチェックポイントファイルを直接 gmx mdrun に -cpi オプションで渡します。また、エンブレールや出力頻度などの変更を希望する場合は、新しい .mdp ファイル（-f オプションで指定）と合わせてチェックポイントファイルを gmx grompp に -t オプションで渡すのが推奨される手順です。実際にエンブレール（可能な場合）を維持するには、チェックポイントファイルを gmx mdrun に -cpi オプションで渡す必要があります。

デフォルトでは、仮想サイトの構築によって定常的なエネルギーを持つすべての結合相互作用は削除されます。この定常的なエネルギーがゼロでない場合、総エネルギーにシフトが生じます。すべての結合相互作用は、「-rmvsbds」を無効にすることで保持できます。さらに、仮想サイトの構築によって定常になるはずのすべての距離制約も削除されます。仮想サイトを伴う制約が残る場合、致命的なエラーが発生します。

実行ファイルの検証を行うには、画面に表示されるすべての警告を確認し、必要に応じて修正してください。また、mdout.mdp ファイルの内容も確認してください。このファイルには、gmx grompp が読み込んだ入力データだけでなく、コメント行も含まれています。不明な場合は、gmx grompp を -debug オプションで起動すると、より詳細な情報が grompp.log ファイルに記録されます（実際のデバッグ情報も含まれます）。実行ファイルの入力内容を確認するには、gmx dump プログラムを使用します。gmx check を使用して、2つの実行ファイルの入力内容を比較できます。

オプション -maxwarn を使用すると、通常は出力停止を引き起こす gmx grompp が表示する警告を上書きできます。ただし、警告が常に有害であるわけではありません。このオプションを使用して警告を回避する前に、ユーザーは出力メッセージを注意深く解釈する必要があります。

オプション¶

Options to specify input files:

-f [<.mdp>] (grompp.mdp): GROMMP 入力ファイル（MD パラメータを含む）
-c [<.gro/.g96/...>] (conf.gro): 構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-r [<.gro/.g96/...>] (拘束ファイル.gro) (オプション): 構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-rb [<.gro/.g96/...>] (拘束ファイル.gro) (オプション): 構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル
-p [<.top>] (topol.top): トポロジーファイル
-t [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (オプション): 完全精度軌跡: trr cpt tng h5md
-e [<.edr>] (ener.edr) (オプション): エネルギーファイル
-qmi [<.inp>] (topol-qmmm.inp) (オプション): QMプログラム用の入力ファイル

入力/出力ファイルの指定オプション:

-ref [<.trr/.cpt/...>] (rotref.trr) (オプション): 完全精度軌跡: trr cpt tng h5md

出力ファイルの指定オプション:

-po [<.mdp>] (mdout.mdp): GROMMP 入力ファイル（MD パラメータを含む）
-pp [<.top>] (processed.top) (オプション): トポロジーファイル
-o [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル
-imd [<.gro>] (imdgroup.gro) (オプション): Gromos-87形式の座標ファイル

Other options:

-[no]v (無): 大きな音を立てる
-time <real> (-1): この時間またはその後の最初のフレームを選択します。
-[no]rmvsbds (有効): 仮想サイトとの恒常的な結合相互作用を削除する
-maxwarn <int> (0): 入力処理中に許可される警告の数。通常の使用には適しておらず、不安定なシステムを生成する可能性があります。
-[no]zero (無): 結合相互作用のパラメータを設定する際に、デフォルト値をゼロに設定することで、エラーが発生するのを防ぐ
-[no]renum (はい): 原子種の番号を再割り当てし、原子種の数を最小限に抑える