GROMACS 2022.1 リリースノート¶
このバージョンは2022年4月22日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の以前の2022バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正するために作成されました。また、2021.5およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
開発者およびパッケージの管理者への注意¶
次のリリース（GROMACS 2022.2）では、masterブランチの名前をmainに変更します。¶
次回のリリース時点で、マスターブランチの名前をmainに変更し、master / slaveという用語の使用を廃止します。
Gromacs 2022.2 のパッチリリース後、開発者はローカルのマスターブランチを削除し、git branch -d master; git fetch; git checkout main のようにリモートのメインブランチをフェッチするように推奨されます。
mdrun が誤った動作をする問題を修正¶
テスト粒子の挿入による誤ったペアリストバッファの修正¶
TPIを使用した場合、ペアリストの切り捨ては、rtpiと分子の半径を考慮していませんでした。
フリーエネルギーカーネルにおける、誤った除外の検出を修正¶
無償のエネルギー計算が、除外された原子ペアがペアリストの閾値を超えているという致命的なエラーで停止することがありました。しかし、実際にはそのような状況ではありませんでした。
修正：AWHを使用してFEPを操作する際に、PMEが利用できない場合、または別個のPMEランクを使用した場合に発生するクラッシュを修正¶
早期のPMEの結果が必要かどうかを判断する際に、クラッシュが発生する可能性があります。
グループのエネルギーレポートに関するバグを修正¶
異なる分子が分子ブロック内でトポロジー的に互いに影響を与え合う場合、分子の異なるエネルギーグループに異なる原子を割り当てる場合、最初の分子のエネルギーグループ割り当ては、ブロック内の他のすべての分子に対して繰り返されます。ただし、システム全体の報告されたエネルギーは正確でした。
PME GPU の B 状態のピン付けに関する問題を修正¶
GPU PMEを使用する場合、PME メモリが正しく固定されるようになりました。
1D PME GPU 分解のみを許可する¶
PMEグリッドの1次元分解における正しさの問題により、この機能は不正確な結果を生成する可能性があります。ただし、ほとんどの現実的なケースでは、過剰に大きなハローサイズによってこの問題を隠蔽できます。0次元分解のケースは影響を受けず、現在のリリースではそのような設定のみが許可されます（GMX_PMEONEDD環境変数を使用して0次元PME分解を強制できます）。
`-reprod`オプションを使用した正確な継続の修正¶
「リープ・フロッグ・インテグレーター」を使用すると、運動エネルギーの項は通常、チェックポイントファイルに保存されませんでした。これにより、計算された運動エネルギーにわずかな差が生じ（これは、異なる演算順序によるものであり）、`-reprod`オプションを使用した場合でも、チェックポイントから再開された実行が、中断されていない実行とは異なる結果になる可能性があります。
gmx ツールに関する修正¶
gmx sans で水素の適切な散乱長を使用する¶
浮動小数点数の比較は常に偽の結果となり、原子番号1のすべての原子が、通常の水素ではなく、重水素（6.6710 fm）の散乱長を持つことになりました。
修正：CHARMM用C終端残基パッチ¶
Charmm27の力場におけるC末端のCOOHパッチの原子タイプ名の1つが誤っており、これによりpdb2gmxでクラッシュまたはエラーが発生する可能性があり、Fedoraが追加のチェックフラグを使用して行ったユニットテストでこの問題が特定されました。
DSSP マップにポリプロリンヘリックスの着色を追加する¶
DSSP-4.0はポリプロリンタイプ2のらせんを検出できるため、生成されたマップには、このタイプのらせんに対応する濃い青緑色の色も追加されました。
-unsat オプションを gmx の注文から削除し、関連する欠陥を文書化する。¶
これ、追加してから正常に動作していません。
g96 ファイルの書き込みを修正¶
g96 ファイルの書き込みにより、残基または原子名の長さが5文字を超えた場合にファイル形式が破損する可能性があります。
「過度の負荷が発生した場合に、再実行が中断されなくなる」¶
サポート: 不完全なインデックスファイルを使用した extract-cluster¶
移植性に影響を与える修正¶
nvcc フラグの検出を修正¶
修正 GMXRC.bash 内の問題¶
その他の機能¶
修正：|Gromacs|のフォークに対するリグレッションテストのダウンロードURL¶
GROMACS のフォーク（例：PLUMED）を使用しているユーザーは、現在、回帰テストを自動的にダウンロードする機能も利用できます。
内部の nblib テストの失敗を修正¶
nblibの内部テストで誤ったインデックスが使用され、Fedoraが追加のチェックフラグとともにユニットテストを実行した際にクラッシュが発生しました。これは、nblibを使用している実際のクライアントには影響しません。
MPI を利用するネストされたコードに対する回避策¶
gmxapi スクリプトに gmxapi.commandline_operation タスクが含まれている場合、タスク実行ファイルが自動的にMPIリソースを検出し、スクリプトがMPIランチャーを使用して実行されると、スクリプトが使用できなくなる可能性があります。
回避策は、タスク環境を親プロセスから明示的に分離するために、タスク環境変数を設定することです。これは、`~gmxapi.commandline_operation`関数の新しい*env*キーワード引数を使用することで、`subprocess.run`に直接渡すことができます。
FEP ラムダが1を超えたり、0を下回ったりする可能性を正確にチェックします。¶
FEPラムダが範囲外に出ているかどうかを確認するチェックが、以前はデルタラムダとステップ数が正確な場合に誤ってトリガーされていました。
自由エネルギー（de）カップリング積分チェックを修正¶
フリーエネルギー（de）カップリング計算を使用する場合、gromppは、md積分器を通じてのみ、sdを使用するように警告を発していました。現在、この警告は、md-vv積分器にも拡張されます。
密度に基づいたシミュレーションにおけるアフィン変換の力補正¶
密度に基づいたシミュレーションの計算前に、アフィン変換（回転やプロジェクションなど）を使用した場合、力の計算が正しく行われていませんでした。
このエラーの原因は、アフィン変換行列の転置との乗算が不足していたことです。これは、エネルギーをエネルギーの微分として計算する際に、カルンの法則に従って座標変換を考慮する必要があるためです。
影響を受けるのは、密度に基づいたシミュレーション変換行列が設定され、かつ単純な場合に限られます。もし行列が対角行列であれば、力が誤ってスケーリングされていました。回転行列が設定された場合、力は誤って回転され、構造全体に望ましくないトルクが発生します。
「参考マニュアルにおけるクーロン相互作用項の定義を明確化」¶
正しいSD積分の方程式¶
参考マニュアルに記載されている数式は、実装とは異なっており、両者は数学的に等価であってもです。
ダブル精度テストのテスト許容範囲を調整する¶
一部のテストは、過度に厳密な許容範囲を使用した場合、異なるハードウェアで失敗する可能性があります。これは、一部のSIMD命令（invsqrtを使用した場合、44ビット）の精度が限られているために、テストシミュレーションが異なる結果を出す場合に特に影響します。