gmx velacc¶

概要¶

gmx velacc [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
           [-o [<.xvg>]] [-os [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
           [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-[no]m] [-[no]recip]
           [-[no]mol] [-acflen <int>] [-[no]normalize] [-P <enum>]
           [-fitfn <enum>] [-beginfit <real>] [-endfit <real>]

説明¶

gmx velacc は、速度自己相関関数を計算します。 -m オプションを使用すると、運動自己相関関数も計算されます。

オプション -mol を使用すると、分子の運動相関関数が計算されます。この場合、インデックスグループは原子番号ではなく、分子番号で構成される必要があります。

オプション -os を使用すると、振動（振幅）スペクトルの推定値（フーリエ変換）も抽出できます。これは、速度自己相関関数のフーリエ変換です。追跡データに速度に関する情報を含むフレームが含まれていること（つまり、元の .mdp ファイルで nstvout が設定されていること）を確認してください。また、データ収集ポイント間の時間間隔は、自己相関の時間スケールよりもはるかに短いものである必要があります。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr): 完全精度軌跡: trr cpt tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topo.tpr) (オプション): 構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (vac.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-os [<.xvg>] (spectrum.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e <時間> (0): 読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が初めての時（デフォルト単位：ps）のみを使用します。
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg <enum> (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]m (無): モーメントの自己相関関数を計算する
-[no]recip (はい): スペクトルの場合、1/ps ではなく cm^-1 を X 軸に使用してください。
-[no]mol (無): 分子の速度 ACF を計算する
-acflen <int> (-1): ACFの長さは、デフォルトでフレーム数の中央値
-[no]normalize (はい): ACF の正規化
-P <列挙> (0): ACF (0 はなし) 用のレジェンドの多項式の順序: 0, 1, 2, 3
-fitfn (無): 関数: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-beginfit <実数値> (0): 相関関数の指数関数的なフィッティングを開始する時間
-endfit <実数値> (-1): 時間：相関関数の指数関数的なフィッティングを終了する時間。-1は、終了まで