gmx hbond-legacy

概要

gmx hbond-legacy [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
             [-num [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-ac [<.xvg>]]
             [-dist [<.xvg>]] [-ang [<.xvg>]] [-hx [<.xvg>]]
             [-hbn [<.ndx>]] [-hbm [<.xpm>]] [-don [<.xvg>]]
             [-dan [<.xvg>]] [-life [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]]
             [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-tu <enum>]
             [-xvg <enum>] [-a <real>] [-r <real>] [-[no]da]
             [-r2 <real>] [-abin <real>] [-rbin <real>] [-[no]nitacc]
             [-[no]contact] [-shell <real>] [-fitstart <real>]
             [-fitend <real>] [-temp <real>] [-dump <int>]
             [-max_hb <real>] [-[no]merge] [-nthreads <int>]
             [-acflen <int>] [-[no]normalize] [-P <enum>]
             [-fitfn <enum>] [-beginfit <real>] [-endfit <real>]

説明

gmx hbond-legacy は、水素結合を計算し、解析します。水素結合は、水素 - 供与体 - 受容体間の角度の閾値（0 は拡張）と、供与体 - 受容体（または水素 - 受容体を使用する際に -noda オプションを使用）間の距離の閾値に基づいて決定されます。OH および NH グループは供与体として扱われ、O は常に受容体として扱われます。N はデフォルトでは受容体として扱われますが、-nitacc オプションを使用することで変更できます。ダミーの水素原子は、最初の先行する非水素原子に接続されていると仮定します。

分析に使用する2つのグループを指定する必要があります。これらのグループは、同一であるか、互いに重複しない必要があります。2つのグループ間のすべての水素結合が分析されます。

「-shell」を設定した場合、追加のインデックスグループを指定する必要があります。このグループには、正確に1つの原子を含める必要があります。この場合、指定された原子からシェル距離内の原子間の水素結合のみが考慮されます。

オプション -ac を使用すると、ルザルとチャンドラーのモデル（Nature 379:55, 1996; J. Chem. Phys. 113:23, 2000）を用いて、水素結合の速度定数を計算できます。 -contact オプションを使用して接触速度を分析する場合、n(t) は、時間 t において r の距離内ではないすべてのペア（-r2 オプションをデフォルト値 0 で使用した場合に対応）または r2 の距離内のすべてのペア（-r2 オプションで 2 番目のカットオフ値を設定した場合に対応）のいずれかとして定義できます。 詳細と定義については、上記で言及した文献を参照してください。

Output:

  • -num: 時間経過に伴う水素結合の数。

  • -ac: すべての水素結合（存在関数は0または1）の自己相関を平均化します。

  • -dist: すべての水素結合の距離分布。

  • -ang: すべての水素結合の角度分布。

  • -hx: nとn+iが残基番号を表し、iは0から6までの範囲で、時間とともに形成されるn-n+iの水素結合の数を表します。これには、タンパク質のヘリックスに関連するn-n+3、n-n+4、およびn-n+5の水素結合が含まれます。

  • -hbn: 選択されたグループ、ドナー、水素原子、および選択されたグループの受容体、すべてのグループからの水素結合原子、および挿入に関与するすべての溶媒原子。ただし、-nomerge が設定されている場合、出力は制限されます。

  • -hbm: すべてのフレームにおけるすべての水素結合の存在行列。この行列には、水素結合への溶媒の挿入に関する情報も含まれています。順序は、-hbn インデックスファイルと同じです。

  • -dan: 各時間枠で分析されたドナーとアクセプターの数を表示します。特に、``-shell``を使用する場合に便利です。

  • -nhbdist: 各水素原子の結合数を計算し、結果をラマン分光法と比較するために使用します。

注: オプション -ac、-life、-hbn および -hbm は、選択されたグループ内のドナーの総数と受容体の総数の積に比例したメモリ量を必要とします。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr>] (topol.tpr)

ポータブル XDR 実行入力ファイル

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-num [<.xvg>] (hbnum.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

-g [<.log>] (hbond.log) (オプション)

ログファイル

-ac [<.xvg>] (hbac.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

-dist [<.xvg>] (hbdist.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

-ang [<.xvg>] (hbang.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

-hx [<.xvg>] (hbhelix.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

-hbn [<.ndx>] (hbond.ndx) (オプション)

インデックスファイル

-hbm [<.xpm>] (hbmap.xpm) (オプション)

X PixMap互換のマトリックスファイル

-don [<.xvg>] (ドナー.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

-dan [<.xvg>] (danum.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

-life [<.xvg>] (hblife.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

-nhbdist [<.xvg>] (nhbdist.xvg) (オプション)

xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e <時間> (0)

読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。

-tu <enum> (ps)

単位：fs（フェムト秒）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）

-xvg (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-a <実数> (30)

切断角（度、水素 - 供与体 - 受容体）

-r <実数> (0.35)

カットオフ半径 (nm、X - 受容体、次のオプションを参照)

-[no]da (はい)

Donor-Acceptor (TRUE の場合) または Hydrogen-Acceptor (FALSE の場合) の距離を使用します。

-r2 <実数> (0)

第二のカットオフ半径。主に -contact および -ac オプションと組み合わせて使用します。

-abin <実数> (1)

ビン幅の角度分布（度）

-rbin <実数> (0.005)

幅の距離分布 (nm)

-[no]nitacc (はい)

窒素原子をアクセプターとして扱う

-[no]contact (無)

切断距離内の接触のみを探すのではなく、水素結合を探さないでください。

-shell <real> (-1)

when > 0 の場合、1つの粒子周辺 # nm の範囲内の水素結合のみを計算します。

-fitstart <実数値> (1)

開始時間（ps）を指定して、水素結合の形成と破壊の進行速度定数を取得するために、相関関数のフィッティングを開始します。 -gemfit を使用する場合は、-fitstart 0 を推奨します。

-fitend <実数値> (60)

時間 (ps) を指定して、相関関数を適合させるのを停止し、HB の結合と解離の正と逆のレート定数を取得します（ただし、-gemfit オプションを使用時のみ）。

-temp <実数> (298.15)

ギブスのエネルギーを計算するために使用する、HBの結合を切断および再形成に関連する温度 (K)

-dump <整数> (0)

デバッグのために、最初のN個の水素結合ACFを単一の :ref:`.xvg <xvg>`ファイルにダンプする

-max_hb <実数> (0)

理論上の水素結合の最大数を、HB自己相関関数の正規化に使用する。プログラムが誤って推定した場合に役立つ可能性があります。

-[no]merge (はい)

同一のドナーとアクセプター間のH結合ですが、水素が異なる場合は、それらは単一のH結合として扱われます。主にACF（原子結合フラグメント）において重要です。特定の水素を知る必要があるオプション（-noad, `-ang`など）には対応していません。

-nthreads <整数> (0)

オートコリレーションの並列ループで使用されるスレッドの数。 nThreads <= 0 は、最大のスレッド数を意味します。 OpenMP とのリンクが必要です。 スレッド数は、コア数（OpenMP v.3 以前）または環境変数 OMP_THREAD_LIMIT（OpenMP v.3）によって制限されます。

-acflen <int> (-1)

ACFの長さ、デフォルトはフレーム数の中央値

-[no]normalize (有効)

ACF の正規化

-P <列挙 (0)>

ACF (自相関係) 用のレジェンドル多項式の順序 (0 は該当なし): 0, 1, 2, 3

-fitfn (無)

適合関数: なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-beginfit <実数値> (0)

開始する指数関数的な適合の時間を指定する

-endfit <実数値> (-1)

時間：相関関数の指数関数的な適合を終了する時点。-1は、終了まで